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- PDB-8i3f: Crystal structure of Rco1-Eaf3 with peptide of histone H3 N-terminal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i3f
タイトルCrystal structure of Rco1-Eaf3 with peptide of histone H3 N-terminal
要素
  • Chromatin modification-related protein EAF3
  • Histone H3
  • RCO1 isoform 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / MRG domain / complex / PHD domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Rpd3S complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / chromatin remodeling / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily ...MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
RCO1 isoform 1 / Chromatin modification-related protein EAF3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Chen, Z. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for Eaf3-mediated assembly of Rpd3S and NuA4.
著者: Chen, Z. / Lundy, T. / Zhu, Z. / Hoskins, V.E. / Zhang, J. / Yao, X. / Strahl, B.D. / Xu, C.
履歴
登録2023年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin modification-related protein EAF3
B: RCO1 isoform 1
C: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4965
ポリマ－35,3663
非ポリマー1312
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.513, 75.546, 73.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Chromatin modification-related protein EAF3


分子量: 21127.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EAF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4F719
#2: タンパク質 RCO1 isoform 1


分子量: 13532.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RCO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4BXB0
#3: タンパク質・ペプチド Histone H3


分子量: 705.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 4000, 0.2 M NDSB-201

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→33.49 Å / Num. obs: 53957 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2480 / CC1/2: 0.826

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→28.237 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1879 2594 4.98 %
Rwork0.1674 --
obs0.1684 52126 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→28.237 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2418 0 2 295 2715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1873388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.632098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.64950.2381290.20112601X-RAY DIFFRACTION99
1.6495-1.68120.24921170.19022591X-RAY DIFFRACTION100
1.6812-1.71550.21911530.19372567X-RAY DIFFRACTION100
1.7155-1.75280.23851420.1772623X-RAY DIFFRACTION100
1.7528-1.79360.19571320.17422615X-RAY DIFFRACTION100
1.7936-1.83840.24271400.18882557X-RAY DIFFRACTION100
1.8384-1.88810.21651250.18332636X-RAY DIFFRACTION100
1.8881-1.94360.19721250.18382616X-RAY DIFFRACTION100
1.9436-2.00640.18861430.17542579X-RAY DIFFRACTION100
2.0064-2.07810.17921370.17312600X-RAY DIFFRACTION100
2.0781-2.16120.20541340.17132627X-RAY DIFFRACTION100
2.1612-2.25960.19851390.17922569X-RAY DIFFRACTION100
2.2596-2.37860.20821280.17762634X-RAY DIFFRACTION100
2.3786-2.52760.20411290.17882646X-RAY DIFFRACTION100
2.5276-2.72260.22041360.18412583X-RAY DIFFRACTION100
2.7226-2.99630.18141350.18612632X-RAY DIFFRACTION100
2.9963-3.42920.1891420.16822610X-RAY DIFFRACTION100
3.4292-4.31790.16091590.14122625X-RAY DIFFRACTION100
4.3179-28.2370.16981490.15052621X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6003-0.2049-0.15492.11530.51111.560.0080.094-0.0382-0.0325-0.0054-0.04730.08760.07050.00240.1533-0.0008-0.02320.17080.01610.14411.568822.712124.5249
20.6290.35470.0851.57890.50421.4473-0.03880.34790.3128-0.36730.1904-0.3437-0.3330.32960.00280.3276-0.04880.05970.36040.04490.3279.846536.533515.7821
30.03840.0193-0.00670.02110.00340.01520.05150.0291-0.00680.05940.18740.0511-0.0518-0.0263-0.00010.8286-0.15950.12020.7361-0.05390.948913.382453.610620.9113
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 218 through 400)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 258 through 375)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 6)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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