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- PDB-8i3e: Crystal structure of ELKS1 in complex with Piccolo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i3e
タイトルCrystal structure of ELKS1 in complex with Piccolo
要素
  • ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1
  • MKIAA0559 protein
キーワードPROTEIN BINDING / ELKS / Piccolo / Scaffold protein / Presynapse / Synaptic vesicle
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular anatomical entity / presynapse / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Active zone protein ELKS / RIM-binding protein of the cytomatrix active zone / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. ...Active zone protein ELKS / RIM-binding protein of the cytomatrix active zone / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ELKS/RAB6-interacting/CAST family member 1 / MKIAA0559 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cai, Q. / Zhang, M.
資金援助 中国, 香港, フランス, 6件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82188101 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508402 中国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)AoE-M09-12 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)16104518 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)16101419 香港
Human Frontier Science Program (HFSP)RGP0020/2019 フランス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Short-distance vesicle transport via phase separation.
著者: Qiu, H. / Wu, X. / Ma, X. / Li, S. / Cai, Q. / Ganzella, M. / Ge, L. / Zhang, H. / Zhang, M.
履歴
登録2023年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1
B: ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1
C: MKIAA0559 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3763
ポリマ－44,3763
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS result proved the complex was composed of two ELKS1 molecules and one Piccolo molecule.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10230 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area22560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.379, 46.111, 84.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.438, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid 471 through 604)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERLEUA1 - 134
d_21ens_1SERLEUB2 - 135

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.139593553565, 0.0237646178674, -0.98992367521), (0.687837408593, 0.721478773606, -0.0796748302536), (0.712315477259, -0.692028628146, -0.117059979)ベクター: 18. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.139593553565, 0.0237646178674, -0.98992367521), (0.687837408593, 0.721478773606, -0.0796748302536), (0.712315477259, -0.692028628146, -0.117059979)
ベクター: 18.0076630292, -0.23394186356, 18.2876487045)

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要素

#1: タンパク質 ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1


分子量: 16857.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Erc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: A0A8I6AIL7
#2: タンパク質 MKIAA0559 protein


分子量: 10661.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pclo, mKIAA0559 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8CHE8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Sodium Formate pH 7.0, 12 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 11119 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 59.05 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.256 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 1.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 538 / CC1/2: 0.614 / CC star: 0.872 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 1.723 / Χ2: 0.447 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.7→31.11 Å / SU ML: 0.3791 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.2781
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2979 560 5.05 %
Rwork0.2453 20114 -
obs0.2479 11093 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→31.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2647 0 0 0 2647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01252649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.64373527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0695418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8706346
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 8.54947122975 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.820.35781330.3252476X-RAY DIFFRACTION98.08
2.83-2.970.33631310.27832532X-RAY DIFFRACTION99.89
2.97-3.160.33511350.29312524X-RAY DIFFRACTION99.81
3.16-3.40.37591220.26252515X-RAY DIFFRACTION99.89
3.4-3.750.34631260.24652553X-RAY DIFFRACTION99.78
3.75-4.290.29011340.21462545X-RAY DIFFRACTION99.81
4.29-5.40.28681570.24082491X-RAY DIFFRACTION99.03
5.4-31.110.22921310.22842478X-RAY DIFFRACTION98.12
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.483235656080.657026871219-0.2303735431450.470702426692-0.3928098774950.407324267867-0.1855793414540.02822195477220.02951048072910.3008684339960.19965404133-0.118277398075-0.0729656596724-0.1247756174210.0006921891609770.212449031321-0.0206390230148-0.01731481272450.363289478134-0.02806084325310.36229432650916.518997259237.77898057062.08714812211
20.03935226260.0470277686730.128007415510.0297483876815-0.1254772217970.1014362158480.3591991246220.377507246851-0.0339374114889-0.152362592454-0.0624966310355-0.125398498057-0.136319155506-0.6139901995210.002287328138271.0348022222-0.1384677509060.454623488060.7208869937120.137783370571.07381921893-25.3102610979-47.994109277135.1517239526
30.1482684588060.130032785972-0.003840105658060.7526969715590.231206103134-0.3205256083960.01791505720190.04877455236080.005669162352820.4648156005970.03620386387630.00290784887997-0.279999755168-0.003564774341270.0002722971654810.488887146497-0.0108075185509-0.07367891296910.396260461744-0.01500784838810.34637215364616.181969737639.78405147821.68149614532
40.03758742461380.05248811350610.0248749664858-0.01820479171140.1017963670180.0286502740588-0.143073313540.433073158912-0.224181811139-0.171958085551-0.1101675099180.1531948178990.589229087532-0.4274827778980.0007337250867251.09268941729-0.1835954502810.3898514957280.7986234254780.1030069188171.07070492364-17.7044150634-52.796692741834.1342527919
50.460732506264-0.1096488037750.171105192410.4687063544920.2328468972410.241619569317-0.3634866425420.00788680215704-0.249864384971-0.307617476140.170838511007-0.2235694534020.449318832062-0.21879351156-0.001733352229460.393144182329-0.01586054171230.02233600369820.4114829830980.04490623732640.388138486173-0.4488828727456.9794033576712.7416761768
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 471 through 576 )AA471 - 5761 - 106
22chain 'A' and (resid 577 through 604 )AA577 - 604107 - 134
33chain 'B' and (resid 470 through 574 )BB470 - 5741 - 105
44chain 'B' and (resid 575 through 604 )BB575 - 604106 - 135
55chain 'C' and (resid 3690 through 3745 )CC3690 - 37451 - 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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