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- PDB-8i2r: Beijerinckia indica beta-fructosyltransferase variant H395R/F473Y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i2r
タイトルBeijerinckia indica beta-fructosyltransferase variant H395R/F473Y in complex with fructose
要素Beta-fructosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Beta-fructosyltransferase / HYDROLASE
機能・相同性beta-D-fructopyranose / beta-D-fructofuranose
機能・相同性情報
生物種Beijerinckia indica subsp. indica NBRC 3744 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Tonozuka, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K05956 日本
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Characterization and alteration of product specificity of Beijerinckia indica subsp. indica beta-fructosyltransferase.
著者: Li, D. / Miyasaka, Y. / Kubota, A. / Kozono, T. / Kitano, Y. / Sasaki, N. / Fujii, T. / Tochio, T. / Kadota, Y. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
履歴
登録2023年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-fructosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6296
ポリマ－57,0401
非ポリマー5895
水10,269570
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.542, 81.697, 99.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-fructosyltransferase


分子量: 57039.840 Da / 分子数: 1 / 変異: variant H395R, F473Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DDBJ LC522529
由来: (組換発現) Beijerinckia indica subsp. indica NBRC 3744 (バクテリア)
株: NBRC 3744 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EC: 2.4.1.100
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-BDF / beta-D-fructopyranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DFrupbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrupIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% (w/v) polyethylene glycol 10000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→47.8 Å / Num. obs: 95951 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.36→1.43 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 13917 / Rpim(I) all: 0.201 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.36→37.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18156 4669 4.9 %RANDOM
Rwork0.16174 ---
obs0.1627 90892 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.745 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.36→37.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3703 0 38 570 4311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133863
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0153440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.6555291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3021.5827920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2885477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.08122.905210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.61315528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4251520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2211.6831908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2151.6821907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9322.5272382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9352.5282383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6661.8621955
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6651.8621956
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5942.7392909
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.28121.4134319
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.03820.5294177
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.395 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 339 -
Rwork0.21 6709 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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