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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i2f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus subtilis LytE catalytic domain in complex with IseA | ||||||
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![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN/INHIBITOR / DL-endopeptidase / ANTIMICROBIAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() lytic endotransglycosylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / cell wall organization / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tandukar, S. / Kwon, E. / Kim, D.Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the regulation of peptidoglycan DL-endopeptidases by inhibitory protein IseA. 著者: Tandukar, S. / Kwon, E. / Kim, D.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8i2dC ![]() 8i2eC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17815.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: yoeB / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 13144.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lytE / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P54421, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 詳細: 20% (w/v) PEG6000, 100 mM Citric acid/Sodium hydroxide pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→76.54 Å / Num. obs: 45047 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3272 / Rpim(I) all: 0.305 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→76.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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