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万見
- PDB-8i2f: Crystal structure of Bacillus subtilis LytE catalytic domain in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i2f
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis LytE catalytic domain in complex with IseA
要素
  • Probable peptidoglycan endopeptidase LytE
  • Uncharacterized protein YoeB
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN/INHIBITOR / DL-endopeptidase / ANTIMICROBIAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic endotransglycosylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / cell wall organization / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
DL-endopeptidase inhibitor IseA / : / IseA DL-endopeptidase inhibitor / : / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain ...DL-endopeptidase inhibitor IseA / : / IseA DL-endopeptidase inhibitor / : / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YoeB / Probable peptidoglycan endopeptidase LytE
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Tandukar, S. / Kwon, E. / Kim, D.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the regulation of peptidoglycan DL-endopeptidases by inhibitory protein IseA.
著者: Tandukar, S. / Kwon, E. / Kim, D.Y.
履歴
登録2023年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YoeB
B: Probable peptidoglycan endopeptidase LytE
C: Uncharacterized protein YoeB
D: Probable peptidoglycan endopeptidase LytE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9204
ポリマ－61,9204
非ポリマー00
水11,241624
1
A: Uncharacterized protein YoeB
B: Probable peptidoglycan endopeptidase LytE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9602
ポリマ－30,9602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein YoeB
D: Probable peptidoglycan endopeptidase LytE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9602
ポリマ－30,9602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.830, 74.640, 153.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YoeB


分子量: 17815.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: yoeB / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: O34841
#2: タンパク質 Probable peptidoglycan endopeptidase LytE / Gamma-D-glutamate-meso-diaminopimelate muropeptidase LytE / Minor autolysin LytE / Vegetative cell ...Gamma-D-glutamate-meso-diaminopimelate muropeptidase LytE / Minor autolysin LytE / Vegetative cell wall hydrolase LytE


分子量: 13144.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: lytE / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
参照: UniProt: P54421, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: 20% (w/v) PEG6000, 100 mM Citric acid/Sodium hydroxide pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→76.54 Å / Num. obs: 45047 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3272 / Rpim(I) all: 0.305 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→76.54 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 2196 4.89 %
Rwork0.1734 --
obs0.1751 44931 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→76.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4234 0 0 624 4858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7965874
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.279578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.070.26881180.22422649X-RAY DIFFRACTION98
2.07-2.120.27451510.22412611X-RAY DIFFRACTION98
2.12-2.170.24781390.21262632X-RAY DIFFRACTION98
2.17-2.230.24951290.20242631X-RAY DIFFRACTION98
2.23-2.30.23681270.19622555X-RAY DIFFRACTION95
2.3-2.370.21531340.1882645X-RAY DIFFRACTION98
2.37-2.460.23521130.19222724X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.560.24181570.18872652X-RAY DIFFRACTION99
2.56-2.670.24961150.18762697X-RAY DIFFRACTION98
2.67-2.810.21941270.18452590X-RAY DIFFRACTION96
2.81-2.990.24081550.19042661X-RAY DIFFRACTION98
2.99-3.220.20091520.18292711X-RAY DIFFRACTION99
3.22-3.540.20081490.16662702X-RAY DIFFRACTION99
3.54-4.060.2091490.15352667X-RAY DIFFRACTION97
4.06-5.110.14561450.13752778X-RAY DIFFRACTION99
5.11-76.540.17751360.15562830X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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