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- PDB-8i29: Crystal structure of butanol dehydrogenase A (YqdH) in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i29
タイトルCrystal structure of butanol dehydrogenase A (YqdH) in complex with NADH from Fusobacterium nucleatum
要素NADH-dependent butanol dehydrogenase A
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / YqdH / NADH
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase [NAD(P)+] activity / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / butanol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Butanol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / NADH-dependent butanol dehydrogenase A
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Bai, X. / Lan, J. / Bu, T.T. / Wang, L.L. / He, S.R. / Zhang, J. / Xu, Y.B.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017M3A9F6029736 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of butanol dehydrogenase A (YqdH) in complex with NADH from Fusobacterium nucleatum
著者: Bai, X. / Lan, J. / Bu, T.T. / He, S.R. / Zhang, J. / Wang, L.L.
履歴
登録2023年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2023年2月1日ID: 7YIP
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-dependent butanol dehydrogenase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1895
ポリマ－43,3361
非ポリマー8534
水1,18966
1
A: NADH-dependent butanol dehydrogenase A
ヘテロ分子

A: NADH-dependent butanol dehydrogenase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,37810
ポリマ－86,6722
非ポリマー1,7068
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area30440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.426, 79.351, 212.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NADH-dependent butanol dehydrogenase A


分子量: 43336.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
遺伝子: FN1415 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: Q8R612, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

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非ポリマー , 5種, 70分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化温度: 279.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium phosphate, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.719→35.53 Å / Num. obs: 14920 / % possible obs: 98.64 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.929 / CC star: 0.981 / Net I/σ(I): 11.88
反射 シェル解像度: 2.719→2.817 Å / Num. unique obs: 752 / CC1/2: 0.531

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L1K

6l1k


解像度: 2.72→35.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 14.462 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.016 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25799 1493 10 %RANDOM
Rwork0.19738 ---
obs0.20356 13427 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.195 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å2-0 Å2
2---0.33 Å2-0 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.72→35.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3004 0 51 66 3121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0123116
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.6364215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4911.5686857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3245383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.074510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.01510555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9945.6461535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9915.6461535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.44810.1461917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.44710.1451918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9746.111581
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.9356.1081578
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.85811.0972293
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.67453.693618
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.63353.343610
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.79 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 91 -
Rwork0.292 813 -
obs--83.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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