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- PDB-8i1j: Crystal structure of human MTH1(G2K/D120N mutant) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i1j
タイトルCrystal structure of human MTH1(G2K/D120N mutant) in complex with 2-oxo-dATP at pH 9.7
要素7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
キーワードHYDROLASE / Nudix hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection ...2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / purine nucleoside catabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / response to cadmium ion / acrosomal vesicle / male gonad development / nuclear membrane / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / DNA repair / mitochondrion / extracellular space / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6U4 / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Nakamura, T. / Yamagata, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2023
タイトル: Protonation states of Asp residues in the human Nudix hydrolase MTH1 contribute to its broad substrate recognition.
著者: Nakamura, T. / Koga-Ogawa, Y. / Fujimiya, K. / Chirifu, M. / Goto, M. / Ikemizu, S. / Nakabeppu, Y. / Yamagata, Y.
履歴
登録2023年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1928
ポリマ－36,0852
非ポリマー1,1066
水5,909328
1
A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5964
ポリマ－18,0431
非ポリマー5533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8160 Å2
手法PISA
2
B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5964
ポリマ－18,0431
非ポリマー5533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.482, 47.324, 122.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1


分子量: 18042.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-6U4 / [[(2R,3S,5R)-5-(6-azanyl-2-oxidanylidene-1H-purin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / 2-oxo-dATP / 2-OH-dATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, caps, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→32.79 Å / Num. obs: 111961 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 11.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.08→1.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.398 / Num. unique obs: 16641

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.08→32.79 Å / SU ML: 0.0844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.2815 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1742 5707 5.1 %
Rwork0.1418 106236 -
obs0.1434 111943 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→32.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2542 0 66 328 2936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02072939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4164022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0852410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.28061119
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.08-1.090.24081300.23892290X-RAY DIFFRACTION64.76
1.09-1.110.19421930.18923349X-RAY DIFFRACTION94.88
1.11-1.120.19161930.17793520X-RAY DIFFRACTION99.84
1.12-1.140.17891810.16693566X-RAY DIFFRACTION99.68
1.14-1.150.17791890.15983571X-RAY DIFFRACTION99.92
1.15-1.170.1591820.15163564X-RAY DIFFRACTION99.95
1.17-1.180.17971830.14593532X-RAY DIFFRACTION99.81
1.18-1.20.17372100.14173561X-RAY DIFFRACTION100
1.2-1.220.15231580.14213573X-RAY DIFFRACTION99.87
1.22-1.240.15571720.13813591X-RAY DIFFRACTION99.71
1.24-1.260.15381750.14273563X-RAY DIFFRACTION99.97
1.26-1.280.17381640.13493585X-RAY DIFFRACTION99.84
1.28-1.310.16522220.13213513X-RAY DIFFRACTION99.79
1.31-1.330.15362020.13453574X-RAY DIFFRACTION99.97
1.33-1.360.18782270.13173532X-RAY DIFFRACTION99.97
1.36-1.40.15922010.13653562X-RAY DIFFRACTION99.92
1.4-1.430.17132030.12943576X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.470.16681880.12643590X-RAY DIFFRACTION100
1.47-1.510.15082030.12373560X-RAY DIFFRACTION99.97
1.51-1.560.15322140.12833553X-RAY DIFFRACTION99.92
1.56-1.620.15222140.12343572X-RAY DIFFRACTION99.87
1.62-1.680.17122180.13073587X-RAY DIFFRACTION99.74
1.68-1.760.14731940.12863581X-RAY DIFFRACTION99.53
1.76-1.850.15981890.12453567X-RAY DIFFRACTION99.84
1.85-1.970.14761940.12393645X-RAY DIFFRACTION99.92
1.97-2.120.14851930.12563612X-RAY DIFFRACTION99.87
2.12-2.330.18471650.13223669X-RAY DIFFRACTION99.79
2.33-2.670.18261950.14543668X-RAY DIFFRACTION99.51
2.67-3.360.18082010.14683681X-RAY DIFFRACTION99.62
3.36-32.790.21691540.16673929X-RAY DIFFRACTION99.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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