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万見
- PDB-8i16: Crystal structure of the selenomethionine (SeMet)-derived Cas12g ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i16
タイトルCrystal structure of the selenomethionine (SeMet)-derived Cas12g (D513A) mutant
要素Cas12g
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Cas12g / CRISPR / Cas / Cas12 / RNP
生物種Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Zhang, B. / Chen, J. / Ye, Y.M. / OuYang, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770948 中国
引用ジャーナル: PLoS Genet / 年: 2023
タイトル: Structural transitions upon guide RNA binding and their importance in Cas12g-mediated RNA cleavage.
著者: Mengxi Liu / Zekai Li / Jing Chen / Jinying Lin / Qiuhua Lu / Yangmiao Ye / Hongmin Zhang / Bo Zhang / Songying Ouyang /
要旨: Cas12g is an endonuclease belonging to the type V RNA-guided CRISPR-Cas family. It is known for its ability to cleave RNA substrates using a conserved endonuclease active site located in the RuvC ...Cas12g is an endonuclease belonging to the type V RNA-guided CRISPR-Cas family. It is known for its ability to cleave RNA substrates using a conserved endonuclease active site located in the RuvC domain. In this study, we determined the crystal structure of apo-Cas12g, the cryo-EM structure of the Cas12g-sgRNA binary complex and investigated conformational changes that occur during the transition from the apo state to the Cas12g-sgRNA binary complex. The conserved zinc finger motifs in Cas12g undergo an ordered-to-disordered transition from the apo to the sgRNA-bound state and their mutations negatively impact on target RNA cleavage. Moreover, we identified a lid motif in the RuvC domain that undergoes transformation from a helix to loop to regulate the access to the RuvC active site and subsequent cleavage of the RNA substrate. Overall, our study provides valuable insights into the mechanisms by which Cas12g recognizes sgRNA and the conformational changes it undergoes from sgRNA binding to the activation of the RNase active site, thereby laying a foundation for the potential repurposing of Cas12g as a tool for RNA-editing.
履歴
登録2023年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cas12g
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3783
ポリマ－91,2471
非ポリマー1312
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.070, 95.120, 167.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cas12g


分子量: 91247.109 Da / 分子数: 1 / 変異: D513A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M BIS-TRIS (pH 6.5) and 25% polyethylene glycol 3,350 (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→62.86 Å / Num. obs: 49819 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3596 / CC1/2: 0.786 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX1.13-2998位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.24→62.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.013 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26849 2416 4.9 %RANDOM
Rwork0.22398 ---
obs0.2262 47341 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.312 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2--3.42 Å2-0 Å2
3----3.67 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.24→62.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5338 0 2 42 5382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0135475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.6637374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2321.58612027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2345636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.26220.08373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.26915973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8931571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021468
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4986.3892553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4976.3882552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.949.5563186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.9399.5583187
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1096.9732922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.1086.9742923
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.30610.1754189
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.74870.7925943
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.74770.8055944
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.298 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 202 -
Rwork0.313 3387 -
obs--98.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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