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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i12 | ||||||
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タイトル | InuAMN8 | ||||||
要素 | Glycosyl hydrolase family 32 exo-inulinase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Cold-active / NaCl-tolerant / exo-inulinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Arthrobacter sp. MN8 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, J.P. / Cen, X.L. / He, L.M. / Zhang, R. / Huang, Z.X. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cold-active and NaCl-tolerant exo-inulinase InuAMN8. 著者: Cen, X.L. / He, L.M. / Zhang, R. / Huang, Z.X. / Zhou, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i12.cif.gz | 262.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i12.ent.gz | 171.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i12.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8i12_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8i12_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8i12_validation.xml.gz | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8i12_validation.cif.gz | 41.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/8i12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/8i12 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57244.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. MN8 (バクテリア) 遺伝子: inuA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0F6MV26 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: JCSG4-60 0.1 M HEPES pH 6.5, 30% (w/v) PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.36→94.57 Å / Num. obs: 99430 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 7.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 26.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.36→1.39 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Num. unique obs: 9000 / % possible all: 91.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.36→48.64 Å / SU ML: 0.1035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.5827 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.36→48.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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