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- PDB-8i0v: The cryo-EM structure of human post-Bact complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i0v
タイトルThe cryo-EM structure of human post-Bact complex
要素
  • (Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like ...) x 2
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 6
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 5
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Cell division cycle 5-like protein
  • Crooked neck-like protein 1
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E
  • Pleiotropic regulator 1
  • Pre-mRNA
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Protein BUD31 homolog
  • RNA helicase aquarius
  • SNW domain-containing protein 1
  • Serine/arginine repetitive matrix protein 2
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
  • U2 snRNA
  • U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
キーワードSPLICING / spliceosome / Bact complex / RNA splicing / PRP2 / branching
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / post-mRNA release spliceosomal complex / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / 3'-5' RNA helicase activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U7 snRNP / B-WICH complex ...U11/U12 snRNP / post-mRNA release spliceosomal complex / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / 3'-5' RNA helicase activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U7 snRNP / B-WICH complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / embryonic brain development / splicing factor binding / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / nuclear retinoic acid receptor binding / Prp19 complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / positive regulation of androgen receptor activity / poly(A) binding / U1 snRNP binding / mRNA 3'-end processing / pICln-Sm protein complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / C2H2 zinc finger domain binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / telomerase holoenzyme complex / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / positive regulation by host of viral transcription / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / telomerase RNA binding / U2-type prespliceosome assembly / nuclear vitamin D receptor binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Notch binding / RUNX3 regulates NOTCH signaling / SAGA complex / U2 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RNA Polymerase II Transcription Termination / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U1 snRNP / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / WD40-repeat domain binding / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / pattern recognition receptor activity / lipid biosynthetic process / positive regulation of neurogenesis / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / cyclosporin A binding / nuclear androgen receptor binding / precatalytic spliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / SMAD binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / protein K63-linked ubiquitination / regulation of RNA splicing / antiviral innate immune response / blastocyst development / protein localization to nucleus / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / retinoic acid receptor signaling pathway / U5 snRNA binding / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / U5 snRNP / embryonic organ development / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / regulation of DNA repair / spliceosomal snRNP assembly / protein peptidyl-prolyl isomerization
類似検索 - 分子機能
PPIL4-like, cyclophilin domain / Cyclophilin-RNA interacting protein / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / : / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / mRNA splicing factor SYF2 ...PPIL4-like, cyclophilin domain / Cyclophilin-RNA interacting protein / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / : / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E, RNA recognition motif / SF3B4, RNA recognition motif 2 / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / : / STL11, N-terminal / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / U-box domain / : / SF3B4, RNA recognition motif 1 / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / DNA2/NAM7-like helicase / AAA domain / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Splicing factor 3B, subunit 5 / BUD31/G10-related, conserved site / : / : / : / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / Myb-like DNA-binding domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / Domain of unknown function DUF382 / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / Domain of unknown function (DUF382) / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / MIF4G domain / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U-box domain profile. / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Modified RING finger domain / U-box domain / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / Zinc finger, CCCH-type superfamily / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / SAP domain / zinc finger / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Snu114, GTP-binding domain / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / RNA helicase aquarius ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Protein BUD31 homolog / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Splicing factor 3B subunit 2 / SNW domain-containing protein 1 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 4 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 4 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Cell division cycle 5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5 / Crooked neck-like protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Pre-mRNA-processing factor 19 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhan, X. / Lu, Y. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis for the activation of human spliceosome
著者: Zhan, X. / Lu, Y. / Shi, Y.
履歴
登録2023年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
B: U5 snRNA
C: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
E: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
F: U6 snRNA
G: Pre-mRNA
H: U2 snRNA
I: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
J: Crooked neck-like protein 1
L: Cell division cycle 5-like protein
M: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
N: Protein BUD31 homolog
O: Pre-mRNA-splicing factor RBM22
P: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
Q: RNA helicase aquarius
R: SNW domain-containing protein 1
S: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
T: Pleiotropic regulator 1
U: Serine/arginine repetitive matrix protein 2
V: Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog
W: Pre-mRNA-processing factor 17
X: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16
Y: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 4
Z: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
a: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
b: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
d: Small nuclear ribonucleoprotein F
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein G
g: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
q: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
s: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-processing factor 19
y: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E
1: Splicing factor 3B subunit 1
3: Splicing factor 3B subunit 3
2: Splicing factor 3B subunit 2
4: Splicing factor 3B subunit 4
7: PHD finger-like domain-containing protein 5A
5: Splicing factor 3B subunit 5
p: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
o: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
i: Small nuclear ribonucleoprotein F
m: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
k: Small nuclear ribonucleoprotein G
j: Small nuclear ribonucleoprotein E
n: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,969,37566
ポリマ－2,967,62951
非ポリマー1,74615
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 14種, 15分子 ACEJLNPQRTUamy7

#1: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#3: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / SNU114 homolog / hSNU114


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#4: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5-40K / U5 snRNP-specific 40 kDa protein


分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7
#9: タンパク質 Crooked neck-like protein 1 / SYF3 / Crooked neck homolog / hCrn


分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZJ0
#10: タンパク質 Cell division cycle 5-like protein / Cdc5-like protein / Pombe cdc5-related protein


分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99459
#12: タンパク質 Protein BUD31 homolog / Protein G10 homolog


分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41223
#14: タンパク質 Spliceosome-associated protein CWC15 homolog


分子量: 26674.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P013
#15: タンパク質 RNA helicase aquarius


分子量: 171502.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60306, RNA helicase
#16: タンパク質 SNW domain-containing protein 1 / Nuclear protein SkiP / Nuclear receptor coactivator NCoA-62 / Ski-interacting protein


分子量: 61770.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13573
#18: タンパク質 Pleiotropic regulator 1


分子量: 57280.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43660
#19: タンパク質 Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Ser/Arg-related ...Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Ser/Arg-related nuclear matrix protein of 300 kDa


分子量: 300255.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQ35
#25: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / SmB / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B'


分子量: 24642.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678
#33: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / PPIase E / Cyclophilin E / Rotamase E


分子量: 33475.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNP9, peptidylprolyl isomerase
#38: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A


分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 BFGH

#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 20330981
#5: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 34404.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#6: RNA鎖 Pre-mRNA


分子量: 70435.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#7: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 340097

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 6種, 6分子 IMOVXZ

#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1


分子量: 100148.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCS7
#11: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / CCNDBP1-interactor / p29


分子量: 28780.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95926
#13: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / RNA-binding motif protein 22


分子量: 46959.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW64
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog


分子量: 105646.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCG8
#22: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / ATP-dependent RNA helicase #3 / DEAH-box protein 16


分子量: 119443.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60231, RNA helicase
#24: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Spliceosome-associated protein SPF 27


分子量: 26163.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75934

-
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like ... , 2種, 2分子 SY

#17: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / PPIase / Rotamase PPIL1


分子量: 18257.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3C6, peptidylprolyl isomerase
#23: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 4 / PPIase / Cyclophilin-like protein PPIL4 / Rotamase PPIL4


分子量: 57324.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUA2, peptidylprolyl isomerase

-
Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 Wqrst

#21: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 17 / PRP17 homolog / hPRP17


分子量: 65612.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60508
#32: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19 / PRP19/PSO4 homolog / hPso4 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 / Senescence evasion factor


分子量: 55245.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UMS4, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 bnchdiejfkgl

#26: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314
#27: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#28: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#30: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308
#31: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / SmD3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318

-
Splicing factor 3B subunit ... , 5種, 5分子 13245

#34: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155


分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533
#35: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130


分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393
#36: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 2 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 145 kDa subunit / SF3b145


分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13435
#37: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 4 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 49 kDa subunit


分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15427
#39: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5

-
U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 po

#40: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2-B" / U2 snRNP B''


分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579
#41: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2-A' / U2 snRNP A'


分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661

-
非ポリマー , 4種, 15分子

#42: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#43: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#44: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#45: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The human Bact-III complex / タイプ: COMPLEX
Entity ID: #1-#4, #20, #5, #7, #10, #14, #16, #18, #6, #13, #12, #19, #25-#31, #21-#23, #17, #32, #24, #8, #36, #35, #9, #11, #34, #33, #15, #37-#41
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92596 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01178189
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.974107016
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.64814971
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05711486
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00613570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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