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- PDB-8i0u: The cryo-EM structure of human Bact-IV complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i0u
タイトルThe cryo-EM structure of human Bact-IV complex
要素
  • (Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like ...) x 2
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 6
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 5
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Cell division cycle 5-like protein
  • Crooked neck-like protein 1
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E
  • Pleiotropic regulator 1
  • Pre-mRNA
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Protein BUD31 homolog
  • RING finger protein 113A
  • RNA helicase aquarius
  • SNW domain-containing protein 1
  • Serine/arginine repetitive matrix protein 2
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
  • Splicing factor 3A subunit 3
  • U2 snRNA
  • U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
キーワードSPLICING / spliceosome / Bact complex / RNA splicing / PRP2 / branching
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / U11/U12 snRNP / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / post-mRNA release spliceosomal complex / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / 3'-5' RNA helicase activity / U7 snRNP ...negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / U11/U12 snRNP / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / post-mRNA release spliceosomal complex / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / 3'-5' RNA helicase activity / U7 snRNP / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / alternative mRNA splicing, via spliceosome / histone pre-mRNA 3'end processing complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / B-WICH complex / splicing factor binding / nuclear retinoic acid receptor binding / embryonic brain development / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / poly(A) binding / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA 3'-end processing / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / methylosome / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / oocyte development / pICln-Sm protein complex / C2H2 zinc finger domain binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / telomerase holoenzyme complex / SMN-Sm protein complex / P granule / host-mediated activation of viral transcription / telomerase RNA binding / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear vitamin D receptor binding / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Notch binding / RUNX3 regulates NOTCH signaling / U2-type catalytic step 2 spliceosome / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / SAGA complex / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / U2-type prespliceosome / protein peptidyl-prolyl isomerization / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / WD40-repeat domain binding / inner cell mass cell proliferation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / positive regulation of neurogenesis / nuclear androgen receptor binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / lipid biosynthetic process / cyclosporin A binding / pattern recognition receptor activity / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / spliceosomal complex assembly / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of RNA splicing / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / blastocyst development / Prp19 complex / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNA binding / protein localization to nucleus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / U5 snRNP / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / embryonic organ development / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly
類似検索 - 分子機能
PPIL4-like, cyclophilin domain / Cyclophilin-RNA interacting protein / Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / : / Prp19 WD40 domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E ...PPIL4-like, cyclophilin domain / Cyclophilin-RNA interacting protein / Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / : / Prp19 WD40 domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / CWF11 family / SF3B4, RNA recognition motif 2 / Splicing factor SF3a60 binding domain / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Splicing factor SF3a60 binding domain / Intron-binding protein aquarius N-terminal / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / : / : / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / Splicing factor 3B, subunit 5 / Pre-mRNA-processing factor 17 / U-box domain / Splicing factor 3B subunit 1 / : / Splicing factor 3B subunit 1 / : / Domain of unknown function DUF382 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Domain of unknown function (DUF382) / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / : / AAA domain / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / PHF5-like / PHF5-like protein / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / PSP, proline-rich / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Splicing factor 3B subunit 1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / : / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / DNA2/NAM7-like helicase / : / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Myb-like DNA-binding domain / Spt5 C-terminal domain / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G)
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / E3 ubiquitin-protein ligase RNF113A / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / E3 ubiquitin-protein ligase RNF113A / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Protein BUD31 homolog / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Splicing factor 3A subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 2 / SNW domain-containing protein 1 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 4 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 4 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Cell division cycle 5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5 / Crooked neck-like protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Pre-mRNA-processing factor 19 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhan, X. / Lu, Y. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular basis for the activation of human spliceosome.
著者: Xiechao Zhan / Yichen Lu / Yigong Shi /
要旨: The spliceosome executes pre-mRNA splicing through four sequential stages: assembly, activation, catalysis, and disassembly. Activation of the spliceosome, namely remodeling of the pre-catalytic ...The spliceosome executes pre-mRNA splicing through four sequential stages: assembly, activation, catalysis, and disassembly. Activation of the spliceosome, namely remodeling of the pre-catalytic spliceosome (B complex) into the activated spliceosome (B complex) and the catalytically activated spliceosome (B complex), involves major flux of protein components and structural rearrangements. Relying on a splicing inhibitor, we have captured six intermediate states between the B and B complexes: pre-B, B-I, B-II, B-III, B-IV, and post-B. Their cryo-EM structures, together with an improved structure of the catalytic step I spliceosome (C complex), reveal how the catalytic center matures around the internal stem loop of U6 snRNA, how the branch site approaches 5'-splice site, how the RNA helicase PRP2 rearranges to bind pre-mRNA, and how U2 snRNP undergoes remarkable movement to facilitate activation. We identify a previously unrecognized key role of PRP2 in spliceosome activation. Our study recapitulates a molecular choreography of the human spliceosome during its catalytic activation.
履歴
登録2023年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年7月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
B: U5 snRNA
C: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
E: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
F: U6 snRNA
G: Pre-mRNA
H: U2 snRNA
I: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
J: Crooked neck-like protein 1
K: RING finger protein 113A
L: Cell division cycle 5-like protein
M: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
N: Protein BUD31 homolog
O: Pre-mRNA-splicing factor RBM22
P: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
Q: RNA helicase aquarius
R: SNW domain-containing protein 1
S: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
T: Pleiotropic regulator 1
U: Serine/arginine repetitive matrix protein 2
V: Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog
W: Pre-mRNA-processing factor 17
X: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16
Y: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 4
Z: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
y: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E
a: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
b: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
d: Small nuclear ribonucleoprotein F
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein G
g: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
q: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
s: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-processing factor 19
1: Splicing factor 3B subunit 1
3: Splicing factor 3B subunit 3
p: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
w: Splicing factor 3A subunit 3
2: Splicing factor 3B subunit 2
4: Splicing factor 3B subunit 4
7: PHD finger-like domain-containing protein 5A
5: Splicing factor 3B subunit 5
o: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
i: Small nuclear ribonucleoprotein F
m: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
k: Small nuclear ribonucleoprotein G
j: Small nuclear ribonucleoprotein E
n: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,067,22269
ポリマ－3,065,41153
非ポリマー1,81116
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 16種, 17分子 ACEJKLNPQRTUyamw7

#1: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#3: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / SNU114 / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / ...SNU114 / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#4: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / SNR40 / U5-40K / U5 snRNP-specific 40 kDa protein


分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7
#9: タンパク質 Crooked neck-like protein 1 / Crooked neck homolog / hCrn


分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZJ0
#10: タンパク質 RING finger protein 113A / Zinc finger protein 183


分子量: 38847.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15541
#11: タンパク質 Cell division cycle 5-like protein / Cdc5-like protein / Pombe cdc5-related protein


分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99459
#13: タンパク質 Protein BUD31 homolog / Protein EDG-2 / Protein G10 homolog


分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41223
#15: タンパク質 Spliceosome-associated protein CWC15 homolog


分子量: 26674.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P013
#16: タンパク質 RNA helicase aquarius / Intron-binding protein of 160 kDa / IBP160


分子量: 171502.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60306, RNA helicase
#17: タンパク質 SNW domain-containing protein 1 / Nuclear protein SkiP / Nuclear receptor coactivator NCoA-62 / Ski-interacting protein


分子量: 61770.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13573
#19: タンパク質 Pleiotropic regulator 1


分子量: 57280.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43660
#20: タンパク質 Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / 300 kDa nuclear matrix antigen / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix ...300 kDa nuclear matrix antigen / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Ser/Arg-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Splicing coactivator subunit SRm300 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 803 / TaxREB803


分子量: 300255.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQ35
#26: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / PPIase E / Cyclophilin E / Cyclophilin-33 / Rotamase E


分子量: 33475.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNP9, peptidylprolyl isomerase
#27: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B'


分子量: 24642.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678
#38: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 3 / SF3a60 / Spliceosome-associated protein 61 / SAP 61


分子量: 58934.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12874
#41: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b


分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 BFGH

#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 20330981
#5: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 34404.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#6: RNA鎖 Pre-mRNA


分子量: 70435.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#7: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 340097

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 6種, 6分子 IMOVXZ

#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Protein HCNP / XPA-binding protein 2


分子量: 100148.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCS7
#12: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / CCNDBP1-interactor / p29


分子量: 28780.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95926
#14: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / RNA-binding motif protein 22 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 16


分子量: 46959.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW64
#21: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Nucampholin homolog / fSAPb


分子量: 105646.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCG8
#23: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / ATP-dependent RNA helicase #3 / DEAH-box protein 16


分子量: 119443.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60231, RNA helicase
#25: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma-amplified sequence 2 / DNA amplified in mammary carcinoma 1 protein / Spliceosome- ...Breast carcinoma-amplified sequence 2 / DNA amplified in mammary carcinoma 1 protein / Spliceosome-associated protein SPF 27


分子量: 26163.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75934

-
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like ... , 2種, 2分子 SY

#18: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / PPIase / Rotamase PPIL1


分子量: 18257.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3C6, peptidylprolyl isomerase
#24: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 4 / PPIase / Cyclophilin-like protein PPIL4 / Rotamase PPIL4


分子量: 57324.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUA2, peptidylprolyl isomerase

-
Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 Wqrst

#22: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 17 / Cell division cycle 40 homolog / EH-binding protein 3 / Ehb3 / PRP17 homolog / hPRP17


分子量: 65612.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60508
#34: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19 / Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / hPso4 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 ...Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / hPso4 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 / Senescence evasion factor


分子量: 55245.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UMS4, RING-type E3 ubiquitin transferase

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Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 bnchdiejfkgl

#28: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314
#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#30: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#31: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#32: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308
#33: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318

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Splicing factor 3B subunit ... , 5種, 5分子 13245

#35: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155


分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533
#36: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein ...Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein 130 / SAP 130


分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393
#39: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 2 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 145 kDa subunit / SF3b145 / Spliceosome-associated protein 145 / SAP 145


分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13435
#40: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 4 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 49 kDa subunit / Spliceosome-associated protein 49 / SAP 49


分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15427
#42: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5

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U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 po

#37: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579
#43: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A'


分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661

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非ポリマー , 4種, 16分子

#44: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#45: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#46: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#47: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The human Bact-III complex / タイプ: COMPLEX
Entity ID: #1-#4, #21, #5, #7, #11, #15, #17, #19, #6, #14, #13, #20, #22-#24, #18, #8-#9, #12, #16, #26-#32, #38, #37, #33-#34, #36, #35, #25, #39-#43
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47352 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01178189
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.974107016
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.64814971
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05711486
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00613570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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