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万見
- PDB-8i0m: Structure of CDK6 in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i0m
タイトルStructure of CDK6 in complex with inhibitor
要素Cyclin-dependent kinase 6
キーワードCELL CYCLE/INHIBITOR / CDK6 / inhibitor / complex / CELL CYCLE / CELL CYCLE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation ...cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / gliogenesis / regulation of cell motility / cyclin-dependent kinase / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of osteoblast differentiation / generation of neurons / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / : / negative regulation of cell cycle / cyclin binding / hematopoietic stem cell differentiation / Notch signaling pathway / ruffle / response to virus / regulation of erythrocyte differentiation / Cyclin D associated events in G1 / Oncogene Induced Senescence / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / regulation of gene expression / T cell differentiation in thymus / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of cell cycle / protein phosphorylation / cell division / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 6 / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NJ6 / Cyclin-dependent kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7772 Å
データ登録者Jiang, C. / Ye, Y. / Huang, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of CDK6 in complex with inhibitor
著者: Jiang, C. / Ye, Y. / Huang, Y.
履歴
登録2023年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5612
ポリマ－34,1901
非ポリマー3701
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.870, 100.870, 59.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 6 / Cell division protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase PLSTIRE


分子量: 34190.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK6, CDKN6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00534, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-NJ6 / 2-[(4-azanylcyclohexyl)amino]-7-cyclopentyl-~{N},~{N}-dimethyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide


分子量: 370.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2 M BIS-TRIS pH 7.0, 20% PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.772→27.45 Å / Num. obs: 7680 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1606 / Rpim(I) all: 0.04492 / Rrim(I) all: 0.1668 / Net I/σ(I): 15.71
反射 シェル解像度: 2.772→2.871 Å / Rmerge(I) obs: 2.314 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 739 / CC1/2: 0.565 / Rpim(I) all: 0.6895 / Rrim(I) all: 2.417 / % possible all: 98.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.1.010精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7772→27.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 19.688 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2816 382 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.20665 7303 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.013 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.47 Å20 Å20 Å2
2--2.47 Å20 Å2
3----4.94 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7772→27.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2053 0 27 0 2080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132129
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.6442889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2221.5794726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3365256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.46221.091110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.04415352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1671516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.0947.8091036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.0937.8071035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.7811.7241288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.77711.7261289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.918.3441093
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.9078.3421094
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.39112.2661602
LS精密化 シェル解像度: 2.7772→2.844 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 29 -
Rwork0.387 530 -
obs--98.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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