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万見
- PDB-8i0b: The crystal structure of human glutamate receptor 2 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i0b
タイトルThe crystal structure of human glutamate receptor 2 in complex with LT-102
要素Glutamate receptor 2,Isoform Flip of Glutamate receptor 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / glutamate receptor 2 / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of AMPA receptors / Activation of AMPA receptors / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / perisynaptic space / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation ...Activation of AMPA receptors / Activation of AMPA receptors / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / perisynaptic space / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / kainate selective glutamate receptor activity / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / asymmetric synapse / excitatory synapse / glutamate-gated receptor activity / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / somatodendritic compartment / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / synaptic membrane / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / endocytic vesicle membrane / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / amyloid-beta binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynapse / postsynaptic density / external side of plasma membrane / neuronal cell body / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glutamate receptor 2 / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Qi, X.Y. / Wu, C.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the human GluA2 LBD in complex with LT-102
著者: Qi, X.Y. / Wu, C.Y.
履歴
登録2023年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2,Isoform Flip of Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2,Isoform Flip of Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0299
ポリマ－66,2312
非ポリマー7987
水6,864381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.400, 47.104, 98.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutamate receptor 2,Isoform Flip of Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 33115.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Gria2, Glur2, GRIA2, GLUR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23819, UniProt: P42262

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非ポリマー , 5種, 388分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NXO / 8-[4-(2-fluorophenyl)phenyl]-3,4-dihydro-1,2$l^{6},3-benzoxathiazine 2,2-dioxide


分子量: 355.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14FNO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.1M NaAC pH 5.0, 0.2M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→98.41 Å / Num. obs: 59162 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.73→1.82 Å / Num. unique obs: 8326 / CC1/2: 0.895

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→42.49 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 1998 3.38 %
Rwork0.2206 --
obs0.2225 59077 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→42.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4056 0 47 381 4484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.648585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01710
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.770.3611360.30663876X-RAY DIFFRACTION95
1.77-1.820.39291400.29293975X-RAY DIFFRACTION97
1.82-1.870.33531390.27474002X-RAY DIFFRACTION98
1.87-1.930.3421410.26624006X-RAY DIFFRACTION98
1.93-20.33391420.25294048X-RAY DIFFRACTION99
2-2.080.31661410.23984015X-RAY DIFFRACTION99
2.08-2.180.28321410.23844070X-RAY DIFFRACTION99
2.18-2.290.27891420.23544067X-RAY DIFFRACTION99
2.29-2.440.33571420.24244073X-RAY DIFFRACTION99
2.44-2.620.32281440.23934118X-RAY DIFFRACTION99
2.62-2.890.30561440.23074090X-RAY DIFFRACTION99
2.89-3.30.26741440.21184153X-RAY DIFFRACTION99
3.31-4.160.2211480.1784202X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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