PDB-8hz1: Ambient temperature crystal structure of Escherichia coli CyaY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hz1

タイトル

Ambient temperature crystal structure of Escherichia coli CyaY

要素

Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CyaY / Escherichia coli / Frataxin

機能・相同性

機能・相同性情報

iron chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Shafiei, A. / DeMirci, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ambient temperature crystal structure of Escherichia coli CyaY
著者: Shafiei, A. / DeMirci, H.

履歴

登録	2023年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hz1.cif.gz	58 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hz1.ent.gz	40.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hz1_validation.pdf.gz	403.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hz1_full_validation.pdf.gz	404.9 KB	表示
XML形式データ	8hz1_validation.xml.gz	4.1 KB	表示
CIF形式データ	8hz1_validation.cif.gz	5.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ew4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.167, 45.167, 101.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY 分子量: 12242.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cyaY / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SKF0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M Citric acid, 4.0 M Sodium chloride (pH 4.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→31.04 Å / Num. obs: 7996 / % possible obs: 93.26 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.877 / Net I/σ(I): 5.88
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 2934 / CC_1/2: 0.221

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1	精密化
CrysalisPro	1.171.42.35a	データ削減
CrysalisPro	1.171.42.35a	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EW4

1ew4

解像度: 2→30.94 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3559	791	9.89 %
R_work	0.3158	-	-
obs	0.3197	7996	93.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	863	0	0	43	906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.448
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.05	112
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	125
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	159

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.12	0.4288	106	0.425	978	X-RAY DIFFRACTION	78
2.13-2.29	0.407	121	0.3971	1080	X-RAY DIFFRACTION	86
2.29-2.52	0.4267	133	0.3555	1228	X-RAY DIFFRACTION	96
2.52-2.88	0.3715	140	0.3528	1248	X-RAY DIFFRACTION	99
2.88-3.63	0.3647	144	0.295	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-30.94	0.2786	147	0.2526	1379	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2324	-0.1765	-0.4402	2.0089	0.3295	1.2459	0.1029	-0.0516	-0.083	0.117	-0.2316	-0.119	0.0421	0.0644	-0.0125	0.1788	0.0149	0.0133	0.1711	0.0161	0.3808	12.1987	-12.6081	0.6828
2	1.3312	-0.4611	-0.5163	0.5298	0.1975	0.6399	-0.0129	-0.2009	0.1601	0.0811	0.064	0.0821	-0.035	0.0634	-0.1017	-0.1405	0.1205	0.2025	0.1233	-0.1546	0.1	3.8747	-16.5197	14.744
3	0.9248	-0.1833	-0.6555	1.525	0.5977	1.8509	0.1182	0.0879	-0.0917	-0.3994	0.0393	0.0472	0.0274	-0.2159	0.1325	0.0575	0.0071	-0.0527	0.1464	0.023	0.0691	4.0415	-22.8877	1.0392
4	1.378	-0.4608	-0.4325	0.9044	0.46	3.188	-0.164	0.2374	0.0598	0.0527	-0.0536	-0.0255	-0.0042	0.0383	0.0608	0.1372	0.0628	0.0028	0.1758	0.0542	0.1782	-2.7228	-14.9526	1.3208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 43 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 106 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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