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- PDB-8hyr: Crystal structure of human KARS apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hyr
タイトルCrystal structure of human KARS apo
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Lysyl-tRNA synthetase / KARS
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP:ADP adenylyltransferase activity / basophil activation involved in immune response / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Mitochondrial tRNA aminoacylation / lysine-tRNA ligase / Selenoamino acid metabolism / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Cytosolic tRNA aminoacylation ...ATP:ADP adenylyltransferase activity / basophil activation involved in immune response / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Mitochondrial tRNA aminoacylation / lysine-tRNA ligase / Selenoamino acid metabolism / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Cytosolic tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / tRNA processing / amino acid binding / response to X-ray / ERK1 and ERK2 cascade / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / tRNA binding / mitochondrial matrix / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zhang, X. / Wang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870751 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFE0204500 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human KARS apo
著者: Zhang, X. / Wang, Y. / Ouyang, Z.
履歴
登録2023年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,3942
ポリマ－120,3942
非ポリマー00
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area43950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.331, 107.664, 130.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 70 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 70 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERGLUGLUAA70 - 5662 - 498
d_21SERSERLYSLYSBB70 - 5172 - 449
d_22PHEPHEGLUGLUBB528 - 566460 - 498

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999978102251, -0.00653717132516, 0.00102976222449), (-0.00654785426751, 0.999920918381, -0.0107369729668), (-0.000959491357428, -0.0107434805843, -0.999941826809) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999978102251, -0.00653717132516, 0.00102976222449), (-0.00654785426751, 0.999920918381, -0.0107369729668), (-0.000959491357428, -0.0107434805843, -0.999941826809)
ベクター: -0.0160336185251, 0.0791000865951, 28.230642563)

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要素

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase / LysRS


分子量: 60197.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KARS1, KARS, KIAA0070 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
参照: UniProt: Q15046, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, lysine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.06M Morpheus Divalents, 0.1M Morpheus Buffer system 1, pH 6.5, 30% Morpheus Precipitant Mix 2

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 42172 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 39.66 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 4151 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.383 / Rrim(I) all: 0.961 / % possible all: 99.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→46.24 Å / SU ML: 0.2824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.9554
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 1995 4.74 %
Rwork0.2147 40133 -
obs0.2162 42128 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8111 0 0 183 8294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00478303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.666311213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04511215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00651451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7743177
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.515430016446 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.610.33481390.28092804X-RAY DIFFRACTION98.69
2.61-2.680.31191420.26352822X-RAY DIFFRACTION99.9
2.68-2.760.3141400.25942848X-RAY DIFFRACTION99.8
2.76-2.850.32721410.25992825X-RAY DIFFRACTION99.9
2.85-2.950.31511410.25412831X-RAY DIFFRACTION99.93
2.95-3.070.28521410.23882853X-RAY DIFFRACTION99.9
3.07-3.210.27551420.22622835X-RAY DIFFRACTION99.87
3.21-3.380.24711410.22942863X-RAY DIFFRACTION99.87
3.38-3.590.29571430.22222870X-RAY DIFFRACTION99.9
3.59-3.870.2561420.20372857X-RAY DIFFRACTION99.87
3.87-4.260.19391440.18192882X-RAY DIFFRACTION99.9
4.26-4.870.17011430.16062897X-RAY DIFFRACTION99.8
4.87-6.140.19951470.20572934X-RAY DIFFRACTION99.94
6.14-46.240.23651490.21913012X-RAY DIFFRACTION98.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.746811911311.118229956370.6607424648555.784825395370.4598579829052.05449500919-0.0787055626765-0.02259618974-0.09658214029740.2633138811250.14085327835-0.1921954345490.1971773894080.192692438464-0.06873808866970.3461620081150.053415107323-0.03730650401520.3503058243540.06368546094190.25571427081929.9380253638-9.6592688682836.5546182028
22.516090629130.07265778234520.693070632440.7022822249020.1285239014341.56375401634-0.125847751055-0.1604700139210.2127404512860.0279428950298-0.04094138958830.0181180638337-0.12453491384-0.1185102565840.1165043725860.2335420506390.004160045708330.02847740463390.246800260796-0.007825577622310.214498690267-2.358092505724.5044939301320.4142296718
34.50514886157-2.1872521893-0.3946219499863.429432221890.9182600827492.03997036127-0.25312571436-0.0284267736066-0.1470166457530.1187701077450.0962310386220.376069375911-0.118382221388-0.2265064415520.1507670931340.2738374680350.007735770328570.06720348801660.3544608543770.07446283695670.29623699998-26.40675137980.28262142584329.8826832217
42.0043446241-0.777788556171.403463784150.6077016216780.3834585710943.9578232182-0.2853189503060.1135387740970.3412335588760.07311494013650.006624661788820.124580614605-0.507943174167-0.2915200902730.291404217210.3142585452820.003110343089540.004038690155370.3399573481030.03501348898460.409355705728-15.58762260476.0820287533918.1805472126
51.73085282725-0.1653079813210.9446652459180.329260056211-0.0841638008781.433190172170.02736201245920.173320670267-0.163599478312-0.141915919553-0.03807831750960.01313140377270.126330837174-0.00494223876110.003983677378140.313521697784-0.003548286194340.03873528299250.289205438303-0.01126522278040.275257879643-10.3675611061-3.49458440897-0.261331063637
62.214558042860.1291609891450.5743710366030.1317116861690.5344202197681.45813377938-0.2271909218180.7010901713430.427474084042-0.1283934273530.0545111690558-0.203761556968-0.333878364350.5487233393320.1292629613010.440787441024-0.07178769265150.007874168330370.6380738853960.1712877978710.48714932702623.98184572114.842352745063.79235981841
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 70 through 207 )AA70 - 2071 - 138
22chain 'A' and (resid 208 through 346 )AA208 - 346139 - 277
33chain 'A' and (resid 347 through 484 )AA347 - 484278 - 415
44chain 'A' and (resid 485 through 576 )AA485 - 576416 - 499
55chain 'B' and (resid 70 through 382 )BB70 - 3821 - 313
66chain 'B' and (resid 383 through 576 )BB383 - 576314 - 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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