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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hyr | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human KARS apo | |||||||||
要素 | Lysine--tRNA ligase | |||||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Lysyl-tRNA synthetase / KARS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 basophil activation involved in immune response / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / ATP:ADP adenylyltransferase activity / Mitochondrial tRNA aminoacylation / lysine-tRNA ligase / Selenoamino acid metabolism / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Cytosolic tRNA aminoacylation ...basophil activation involved in immune response / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / ATP:ADP adenylyltransferase activity / Mitochondrial tRNA aminoacylation / lysine-tRNA ligase / Selenoamino acid metabolism / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Cytosolic tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / tRNA processing / amino acid binding / response to X-ray / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / tRNA binding / mitochondrial matrix / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, X. / Wang, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of human KARS apo 著者: Zhang, X. / Wang, Y. / Ouyang, Z. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hyr.cif.gz | 717.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hyr.ent.gz | 502.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hyr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hyr_validation.pdf.gz | 439.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hyr_full_validation.pdf.gz | 451.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hyr_validation.xml.gz | 37 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hyr_validation.cif.gz | 51.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hyr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999978102251, -0.00653717132516, 0.00102976222449), (-0.00654785426751, 0.999920918381, -0.0107369729668), (-0.000959491357428, -0.0107434805843, -0.999941826809) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999978102251, -0.00653717132516, 0.00102976222449), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60197.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KARS1, KARS, KIAA0070 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) 参照: UniProt: Q15046, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, lysine-tRNA ligase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.06M Morpheus Divalents, 0.1M Morpheus Buffer system 1, pH 6.5, 30% Morpheus Precipitant Mix 2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 42172 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 39.66 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 4151 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.383 / Rrim(I) all: 0.961 / % possible all: 99.71 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→46.24 Å / SU ML: 0.2824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.9554 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.24 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.515430016446 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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