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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hyj | |||||||||
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タイトル | A cryo-EM structure of KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex | |||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Pol V | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase IV complex / transposable element silencing by siRNA-mediated heterochromatin formation / RNA polymerase V complex / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / DNA-templated transcription elongation / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / plastid / RNA polymerase complex ...RNA polymerase IV complex / transposable element silencing by siRNA-mediated heterochromatin formation / RNA polymerase V complex / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / DNA-templated transcription elongation / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / plastid / RNA polymerase complex / defense response to fungus / regulation of immune response / heterochromatin / RNA polymerase II, core complex / : / DNA-directed RNA polymerase activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / heterochromatin formation / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nuclear body / nucleotide binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
![]() | Zhang, H. / Zhang, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A cryo-EM structure of KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex. 著者: Hong-Wei Zhang / Kun Huang / Zhan-Xi Gu / Xiao-Xian Wu / Jia-Wei Wang / Yu Zhang / ![]() 要旨: De novo DNA methylation in plants relies on transcription of RNA polymerase V (Pol V) along with KTF1, which produce long non-coding RNAs for recruitment and assembly of the DNA methylation machinery. ...De novo DNA methylation in plants relies on transcription of RNA polymerase V (Pol V) along with KTF1, which produce long non-coding RNAs for recruitment and assembly of the DNA methylation machinery. Here, we report a cryo-EM structure of the Pol V transcription elongation complex bound to KTF1. The structure reveals the conformation of the structural motifs in the active site of Pol V that accounts for its inferior RNA-extension ability. The structure also reveals structural features of Pol V that prevent it from interacting with the transcription factors of Pol II and Pol IV. The KOW5 domain of KTF1 binds near the RNA exit channel of Pol V providing a scaffold for the proposed recruitment of Argonaute proteins to initiate the assembly of the DNA methylation machinery. The structure provides insight into the Pol V transcription elongation process and the role of KTF1 during Pol V transcription-coupled DNA methylation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 729 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 532.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 35086MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase V subunit ... , 3種, 3分子 AEG
#1: タンパク質 | 分子量: 218495.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NRPE1, DMS5, DRD3, NRPD1b, RMD1, RPE1, At2g40030, T28M21.19 発現宿主: ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 25626.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9M1J2 |
#7: タンパク質 | 分子量: 20287.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A6QRA1 |
-DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit ... , 3種, 3分子 BCD
#2: タンパク質 | 分子量: 132848.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9LK40, DNA-directed RNA polymerase |
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#3: タンパク質 | 分子量: 35617.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q39212 |
#4: タンパク質 | 分子量: 22447.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6DBA5 |
-DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit ... , 5種, 5分子 FIJKL
#6: タンパク質 | 分子量: 16670.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9FJ98 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 13297.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6NLH0 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8323.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8LFJ6 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13582.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q38859 |
#12: タンパク質 | 分子量: 5905.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9FLM8 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 HW
#8: タンパク質 | 分子量: 16533.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O81097 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 158254.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RDM3, KTF1, SPT5L, At5g04290, T19N18.20 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#13: DNA鎖 | 分子量: 14926.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#15: DNA鎖 | 分子量: 14643.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#14: RNA鎖 | 分子量: 9492.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 2種, 5分子 


#17: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#18: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 608.5 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 2.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30359 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 161.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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