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- PDB-8hye: Structure of amino acid dehydrogenase-2752 with ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hye
タイトルStructure of amino acid dehydrogenase-2752 with ligand
要素Alanine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / amino acid / Rossmann fold / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine dehydrogenase / alanine dehydrogenase activity / L-alanine catabolic process / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alanine dehydrogenase / Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain ...Alanine dehydrogenase / Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Alanine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sakuraba, H. / Ohshima, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2023
タイトル: Two different alanine dehydrogenases from Geobacillus kaustophilus: Their biochemical characteristics and differential expression in vegetative cells and spores.
著者: Maeno, M. / Ohmori, T. / Nukada, D. / Sakuraba, H. / Satomura, T. / Ohshima, T.
履歴
登録2023年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine dehydrogenase
B: Alanine dehydrogenase
C: Alanine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,68110
ポリマ－118,2333
非ポリマー2,4487
水9,998555
1
A: Alanine dehydrogenase
B: Alanine dehydrogenase
C: Alanine dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Alanine dehydrogenase
B: Alanine dehydrogenase
C: Alanine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,36220
ポリマ－236,4676
非ポリマー4,89514
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area30070 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area74580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.601, 194.601, 158.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1289-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Alanine dehydrogenase


分子量: 39411.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
遺伝子: GK2752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5KW99

-
非ポリマー , 5種, 562分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2-propanol, PEG 4000, Hepes buffer, NAD, pyruvate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 89460 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 0.072 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 1737760
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.248.50.73682350.439197
2.24-2.2890.71484330.447199
2.28-2.329.50.60585430.446199.9
2.32-2.3710.10.56185150.4531100
2.37-2.4210.40.50284990.4591100
2.42-2.4810.50.46785540.4631100
2.48-2.5410.50.40885090.4651100
2.54-2.6110.20.33685290.4721100
2.61-2.699.60.27585180.4831100
2.69-2.7710.10.2585310.4891100
2.77-2.8710.20.19485150.5111100
2.87-2.99110.1785610.531100
2.99-3.1210.90.14384960.541100
3.12-3.2910.80.11485480.5771100
3.29-3.4910.70.09185150.6031100
3.49-3.7610.20.07285460.651100
3.76-4.149.70.06385370.6621100
4.14-4.7410.90.05385240.6531100
4.74-5.9710.90.05385180.5931100
5.97-5010.40.04285760.6531100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→49.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.957 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22535 4494 5 %RANDOM
Rwork0.18256 ---
obs0.18472 84971 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.12 Å2-0.56 Å2-0 Å2
2---1.12 Å20 Å2
3---3.65 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8229 0 160 555 8944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0138538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8151.66611631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3761.58618856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37751099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12423.025357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.144151381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0581539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6024.2334411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.594.2324410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.036.3345505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.036.3365506
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8894.7844127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8894.7844128
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.9077.0156127
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.69752.0999451
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.69652.0079353
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 276 -
Rwork0.234 6126 -
obs--98.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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