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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hy2 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of B1 VIM-2 MBL in complex with 2-amino-5-phenethylthiazole-4-carboxylic acid | ||||||||||||
![]() | Beta-lactamase class B VIM-2 | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Beta-lactamase class B VIM-2 | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Yan, Y.-H. / Zhu, K.-R. / Li, G.-B. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovery of 2-Aminothiazole-4-carboxylic Acids as Broad-Spectrum Metallo-beta-lactamase Inhibitors by Mimicking Carbapenem Hydrolysate Binding. 著者: Yan, Y.H. / Zhang, T.T. / Li, R. / Wang, S.Y. / Wei, L.L. / Wang, X.Y. / Zhu, K.R. / Li, S.R. / Liang, G.Q. / Yang, Z.B. / Yang, L.L. / Qin, S. / Li, G.B. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 775 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 776.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hx5C ![]() 8hxeC ![]() 8hxiC ![]() 8hxnC ![]() 8hxoC ![]() 8hxpC ![]() 8hxuC ![]() 8hxvC ![]() 8hxwC ![]() 8hy1C ![]() 8hy6C ![]() 8hydC ![]() 8jaoC ![]() 7dv0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24679.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, VIM-2, vim-2 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-5ZX / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Magnesium Formate, 28%-35% (v/v) Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 18859 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Χ2: 0.048 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 172141 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7DV0 解像度: 2→25.389 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25.389 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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