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万見
- PDB-8hxs: Small_spotted catshark CD8alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hxs
タイトルSmall_spotted catshark CD8alpha
要素T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
キーワードCYTOKINE / Cartilaginous fishes / CD8alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD8 alpha subunit / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...CD8 alpha subunit / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Scyliorhinus canicula (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Wang, J. / Zou, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32030112 中国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: The first crystal structure of CD8 alpha alpha from a cartilaginous fish.
著者: Jia, Z. / Feng, J. / Dooley, H. / Zou, J. / Wang, J.
履歴
登録2023年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月17日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3231
ポリマ－11,3231
非ポリマー00
水2,252125
1
A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6462
ポリマ－22,6462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1710 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.384, 40.446, 32.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.556, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-242-

HOH

21A-325-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain


分子量: 11322.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scyliorhinus canicula (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8A5LLJ8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% (w/v) PEG3000 and 100mM CHES/Sodium hydroxide pH9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 291.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 20802 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 2.19
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / CC1/2: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→35.324 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.006 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2161 1113 5.35 %
Rwork0.2124 19689 -
all0.213 --
obs-20802 99.218 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.784 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.188 Å2-0 Å2-0.506 Å2
2---0.232 Å2-0 Å2
3---0.463 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→35.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数786 0 0 125 911
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.3850.4830.4331416X-RAY DIFFRACTION96.0282
1.385-1.4230.412930.3841389X-RAY DIFFRACTION99.5299
1.423-1.4640.38790.3321356X-RAY DIFFRACTION99.308
1.464-1.5090.284780.2681329X-RAY DIFFRACTION99.3644
1.509-1.5590.341650.2571302X-RAY DIFFRACTION99.7082
1.559-1.6130.257620.2371267X-RAY DIFFRACTION99.4016
1.613-1.6740.26840.2271214X-RAY DIFFRACTION99.6163
1.674-1.7420.25680.2221146X-RAY DIFFRACTION99.5082
1.742-1.8190.288460.2341131X-RAY DIFFRACTION99.4928
1.819-1.9080.237430.2191096X-RAY DIFFRACTION99.3025
1.908-2.0110.248500.2161027X-RAY DIFFRACTION99.5379
2.011-2.1320.253500.218952X-RAY DIFFRACTION99.3062
2.132-2.2790.217790.2885X-RAY DIFFRACTION99.6898
2.279-2.4610.222400.208860X-RAY DIFFRACTION99.5575
2.461-2.6940.241330.205791X-RAY DIFFRACTION99.6372
2.694-3.010.172360.195722X-RAY DIFFRACTION99.6058
3.01-3.4720.181430.172620X-RAY DIFFRACTION99.5496
3.472-4.2430.145460.153514X-RAY DIFFRACTION100
4.243-5.9590.157210.184435X-RAY DIFFRACTION99.7812
5.959-35.3240.241140.259237X-RAY DIFFRACTION96.5385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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