[日本語] English
万見
- PDB-8hx3: crystal structure of secreted coleopteran active protein (Sip) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hx3
タイトルcrystal structure of secreted coleopteran active protein (Sip)
要素Secreted coleopteran active protein
キーワードTOXIN / Secreted coleopteran active protein
機能・相同性Aerolysin-like toxin / Clostridium epsilon toxin ETX/Bacillus mosquitocidal toxin MTX2 / Secreted coleopteran active protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Chen, Z. / Jiang, K. / Gao, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31901943 中国
引用ジャーナル: Pest Manag Sci / 年: 2023
タイトル: Structural insight into Bacillus thuringiensis Sip1Ab reveals its similarity to ETX_MTX2 family beta-pore-forming toxin.
著者: Chen, Z. / Shi, Y. / Wang, D. / Liu, X. / Jiao, X. / Gao, X. / Jiang, K.
履歴
登録2023年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Secreted coleopteran active protein
B: Secreted coleopteran active protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6015
ポリマ－72,3242
非ポリマー2763
水3,333185
1
A: Secreted coleopteran active protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2542
ポリマ－36,1621
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Secreted coleopteran active protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3463
ポリマ－36,1621
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.020, 233.987, 111.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Secreted coleopteran active protein


分子量: 36162.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: sip / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z0MQV7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M Hepes PH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→45.54 Å / Num. obs: 30454 / % possible obs: 97.93 % / 冗長度: 1.61 % / Biso Wilson estimate: 40.79 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.284→2.366 Å / Num. unique obs: 2998 / CC1/2: 0.888

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CRANK2位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→45.54 Å / SU ML: 0.3379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.3595
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 1506 4.96 %
Rwork0.2396 28853 -
obs0.2415 30359 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→45.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5094 0 18 185 5297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00235213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5637049
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0438778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.77061914
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.360.42341390.36342556X-RAY DIFFRACTION97.26
2.36-2.440.37991400.34362628X-RAY DIFFRACTION99.14
2.44-2.540.37931210.32452619X-RAY DIFFRACTION99.35
2.54-2.660.37081340.31092615X-RAY DIFFRACTION99.17
2.66-2.80.37211240.3072660X-RAY DIFFRACTION99.15
2.8-2.970.34751590.32618X-RAY DIFFRACTION99.5
2.97-3.20.32611470.28332630X-RAY DIFFRACTION99.04
3.2-3.520.28561320.23532620X-RAY DIFFRACTION98.08
3.52-4.030.21991360.21242606X-RAY DIFFRACTION97.23
4.03-5.080.21241380.17632577X-RAY DIFFRACTION94.27
5.08-45.540.23251360.19652724X-RAY DIFFRACTION95.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.802226542881.320464544220.566222505542.71041039828-1.524530192022.294691725730.0533129380235-0.034827940102-0.2341287163120.0921641317634-0.0455549303148-0.7097976578340.2520852649610.0819217912753-0.04686551100650.5644749505790.000635267260596-0.02239157411640.345299146302-0.02545889806440.41743939240523.021798768115.729658021421.7315600766
23.30542342678-1.80323196347-0.1541114752983.1230808985-0.1540753011220.682211982670.1911992769360.612591271475-0.41308393762-0.467372373718-0.318672716919-0.003175065174370.0861837558017-0.04076706694340.1297537989720.5061701926720.03432183908970.01675913089760.434351412679-0.05718342073160.32738882548813.887981266317.057696323611.5986522034
30.9861112516150.634176724740.007440012232774.798940037960.06470182656151.653707948070.06706914780860.06842178707070.267012407701-0.558621264201-0.09174624832791.112634912080.10872736943-0.2681157657440.02812959359260.333068451221-0.0167917883412-0.02704743061680.454562204161-0.002479789414080.490344522221-1.1006260696662.038371485912.6119573521
40.871020323417-0.345218898514-0.2604046170823.40855400388-0.2130987912820.7198699378360.0402411822230.14653259597-0.05980994854470.140446083702-0.06069784997290.4029872770040.0518131749553-0.08691981142990.01724536642560.312065069758-0.002688574800810.01645747020920.382340677106-0.06385924226170.2412510978915.2044922969735.453881367518.7062300318
51.39169070427-0.353356746592-0.6079915829475.73747297147-0.1103780764692.75729511687-0.149117189744-0.200176046022-0.01724854645950.5028388493580.0198913009626-0.212650760510.4252395876750.03194063045280.09227431518150.51126292570.0127605810321-0.1386020420450.4027056493940.01817441418970.435853345785-17.589331125519.4092279542-12.4711316561
62.05032625573.32784634147-0.04699388742223.804933923120.966297338148-0.4422367769450.516584669548-0.376503385755-0.5914714009940.666942864785-0.452349459279-0.8750119137090.05455038189130.0382399864818-0.08316510688680.526143618777-0.0866341569923-0.1881386918030.466919508270.09426593640260.518685157747-0.35813721198664.5618922842-11.0497751544
70.3716594641711.62499086932-0.1866749916874.63092199015-0.3429680210580.4623751720950.100316617823-0.0854975579008-0.2570079064210.205522230038-0.174682037905-0.8099744605830.1759524741110.1559456469160.05516954775740.3832385680260.0559483429087-0.09118680166710.4146819491320.0285543983040.574445524751-5.9569273178437.8207787429-16.5070702651
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 47 through 70 )AA47 - 701 - 24
22chain 'A' and (resid 71 through 140 )AA71 - 14025 - 94
33chain 'A' and (resid 141 through 252 )AA141 - 25295 - 206
44chain 'A' and (resid 253 through 363 )AA253 - 363207 - 317
55chain 'B' and (resid 47 through 140 )BC47 - 1401 - 94
66chain 'B' and (resid 141 through 252 )BC141 - 25295 - 206
77chain 'B' and (resid 253 through 363 )BC253 - 363207 - 317

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る