+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hx3 | ||||||
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Title | crystal structure of secreted coleopteran active protein (Sip) | ||||||
Components | Secreted coleopteran active protein | ||||||
Keywords | TOXIN / Secreted coleopteran active protein | ||||||
Function / homology | Aerolysin-like toxin / Clostridium epsilon toxin ETX/Bacillus mosquitocidal toxin MTX2 / Secreted coleopteran active protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus thuringiensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.28 Å | ||||||
Authors | Chen, Z. / Jiang, K. / Gao, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Pest Manag Sci / Year: 2023 Title: Structural insight into Bacillus thuringiensis Sip1Ab reveals its similarity to ETX_MTX2 family beta-pore-forming toxin. Authors: Chen, Z. / Shi, Y. / Wang, D. / Liu, X. / Jiao, X. / Gao, X. / Jiang, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8hx3.cif.gz | 302.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8hx3.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8hx3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/8hx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/8hx3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36162.203 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus thuringiensis (bacteria) / Gene: sip / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A2Z0MQV7 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20% PEG3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M Hepes PH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NFPSS / Beamline: BL18U / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.28→45.54 Å / Num. obs: 30454 / % possible obs: 97.93 % / Redundancy: 1.61 % / Biso Wilson estimate: 40.79 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 4.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.284→2.366 Å / Num. unique obs: 2998 / CC1/2: 0.888 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.28→45.54 Å / SU ML: 0.3379 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.3595 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.28→45.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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