PDB-8hwj: Bacterial STING from Epilithonimonas lactis in complex with 3'3'-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hwj

タイトル

Bacterial STING from Epilithonimonas lactis in complex with 3'3'-c-di-AMP

要素

CD-NTase-associated protein 12

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CD-NTase-associated protein 12

機能・相同性

: / Prokaryotic STING domain / Prokaryotic STING domain / CD-NTase-associated protein 12/Pycsar effector protein, TIR domain / CAP12/Pycsar effector protein, TIR domain / NAD+ glycohydrolase / nucleotide binding / Chem-2BA / CD-NTase-associated protein 12

機能・相同性情報

生物種

Epilithonimonas lactis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.553 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the regulation, ligand recognition, and oligomerization of bacterial STING.
著者: Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Yang, C.S. / Liao, K.F. / Chang, J.W. / Shih, O. / Yeh, Y.Q. / Sriramoju, M.K. / Weng, T.W. / Jeng, U.S. / Hsu, S.D. / Chen, Y.

履歴

登録	2022年12月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hwj.cif.gz	146.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hwj.ent.gz	113.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hwj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hwj_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hwj_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8hwj_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	8hwj_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/8hwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/8hwj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hwiC 8hy8C 8hy9C 8hynC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CD-NTase-associated protein 12

B: CD-NTase-associated protein 12

C: CD-NTase-associated protein 12

D: CD-NTase-associated protein 12

ヘテロ分子

76.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CD-NTase-associated protein 12

B: CD-NTase-associated protein 12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CD-NTase-associated protein 12

D: CD-NTase-associated protein 12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.171, 52.713, 88.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.883, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CD-NTase-associated protein 12 分子量: 18813.592 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The GLY4 should be re-indexed as GLY151. 由来: (組換発現) Epilithonimonas lactis (バクテリア) 遺伝子: IO89_10965 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085BE66
#2: 化合物	ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP 分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M Sodium chloride, 30 % v/v PEG 3500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 20886 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1948

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP	11.7.03	位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.553→25.769 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.33 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	962	4.912 %
R_work	0.195	18622	-
all	0.197	-	-
obs	-	19584	89.818 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.432 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.439 Å²	0 Å²	0.571 Å²
2-	-	-0.735 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.164 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.553→25.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5151	0	88	172	5411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5337
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	5139
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.438	1.649	7231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.272	1.583	11858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.597	5	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.829	24.323	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.753	15	983
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.662	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	735
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5942
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.231	0.2	4810
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.124	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.288	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.972	4.653	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.972	4.653	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.585	6.965	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.584	6.965	3191
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.881	4.956	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.878	4.956	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.455	7.209	4041
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.452	7.209	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.577	53.542	5824
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.578	53.544	5824

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.553-2.619	0.27	51	0.234	869	X-RAY DIFFRACTION	57.7164
2.619-2.69	0.199	47	0.211	1001	X-RAY DIFFRACTION	68.5415
2.69-2.767	0.283	52	0.227	1139	X-RAY DIFFRACTION	77.5896
2.767-2.852	0.266	58	0.24	1154	X-RAY DIFFRACTION	83.9335
2.852-2.944	0.269	60	0.233	1258	X-RAY DIFFRACTION	92.1678
2.944-3.047	0.277	66	0.232	1220	X-RAY DIFFRACTION	95.4006
3.047-3.16	0.204	63	0.225	1215	X-RAY DIFFRACTION	96.6717
3.16-3.288	0.239	67	0.221	1164	X-RAY DIFFRACTION	94.1131
3.288-3.432	0.241	72	0.212	1127	X-RAY DIFFRACTION	98.8458
3.432-3.597	0.229	55	0.2	1097	X-RAY DIFFRACTION	98.2097
3.597-3.789	0.26	58	0.194	1049	X-RAY DIFFRACTION	98.5752
3.789-4.015	0.214	54	0.178	1000	X-RAY DIFFRACTION	98.8743
4.015-4.287	0.205	45	0.158	952	X-RAY DIFFRACTION	98.8107
4.287-4.622	0.149	43	0.153	868	X-RAY DIFFRACTION	97.3291
4.622-5.051	0.206	31	0.152	807	X-RAY DIFFRACTION	97.783
5.051-5.628	0.263	39	0.197	722	X-RAY DIFFRACTION	96.9427
5.628-6.461	0.291	30	0.231	677	X-RAY DIFFRACTION	99.2978
6.461-7.822	0.204	37	0.193	558	X-RAY DIFFRACTION	99.3322
7.822-10.705	0.169	27	0.146	461	X-RAY DIFFRACTION	98.9858
10.705-25.769	0.332	7	0.203	284	X-RAY DIFFRACTION	93.5691

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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