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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hw8 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Heterodera glycines chitinase 2 D129A/E131A mutant in complex with nodulation factor SmNF-V (C16:2, S) | ||||||||||||
![]() | Chitinase | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / chitinase | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chen, W. / Chen, Q. / Wang, D. / Yang, Q. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Heterodera glycines chitinase 2 D129A/E131A mutant in complex with nodulation factor SmNF-V (C16:2, S) 著者: Chen, W. / Chen, Q. / Wang, D. / Yang, Q. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39279.551 Da / 分子数: 1 / 変異: D129A,E131A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 3種, 289分子 ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-68X / ( 分子量: 413.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H39NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
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#5: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.58 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, and 20% PEG 10,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→29.65 Å / Num. obs: 43220 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06299 / Rsym value: 0.06815 / Net I/σ(I): 15.09 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5986 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique obs: 4267 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→29.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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