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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hw7 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Heterodera glycines chitinase 2 D129A/E131A mutant in complex with chitopentaose | ||||||||||||
要素 | Chitinase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / chitinase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Heterodera glycines (だいずしすとせんちゅう) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen, W. / Chen, Q. / Wang, D. / Yang, Q. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Heterodera glycines chitinase 2 D129A/E131A mutant in complex with chitopentaose 著者: Chen, W. / Chen, Q. / Wang, D. / Yang, Q. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hw7.cif.gz | 88.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hw7.ent.gz | 64.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hw7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/8hw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/8hw7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39279.551 Da / 分子数: 1 / 変異: D129A,E131A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Heterodera glycines (だいずしすとせんちゅう) 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q8I6X8, chitinase |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.53 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, and 20% PEG 10,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.746→30 Å / Num. obs: 31892 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 16.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10.58 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4613 / Num. unique obs: 3077 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→29.62 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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