PDB-8hw5: Crystal structure of African swine fever virus CP312R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hw5

タイトル

Crystal structure of African swine fever virus CP312R

要素

CP312R

キーワード

VIRAL PROTEIN / CP312R / African swine fever virus

機能・相同性

ACETIC ACID / CP312R

機能・相同性情報

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wang, W.M. / Wang, Z.Y. / Fu, D. / Guo, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: African swine fever virus CP312R is essential for virus replication and inhibits host protein expression by interacting with RPS27A
著者: Hagoss, Y.T. / Shen, D.D. / Wang, W.M. / Guo, Y. / Bu, Z.G. / Zhao, D.M.

履歴

登録	2022年12月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hw5.cif.gz	125.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hw5.ent.gz	95.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hw5_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hw5_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8hw5_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	8hw5_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/8hw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/8hw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CP312R

ヘテロ分子

31.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.993, 79.799, 47.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CP312R / CP312R CDS protein / CP312R protein 分子量: 31538.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: CP312R CDS, CP312R, ASFV-Georgia_4-120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X0RVH4
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: magnesium chloride BIS-TRIS PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 13790 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.992 / Χ²: 0.053 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 85579

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.34	2.8	0.25	1329	0.944	1	98.2
2.34-2.38	3.1	0.243	1378	1.098	1	98.5
2.38-2.43	3.3	0.225	1307	1.079	1	99.4
2.43-2.48	3.4	0.202	1333	1.15	1	99.2
2.48-2.53	3.4	0.199	1345	1.147	1	99.6
2.53-2.59	3.4	0.178	1320	1.356	1	98.8
2.59-2.66	3.4	0.162	1349	1.428	1	99.3
2.66-2.73	3.4	0.144	1313	1.651	1	99
2.73-2.81	3.3	0.129	1363	1.892	1	99.1
2.81-2.9	3.3	0.116	1319	2.036	1	99
2.9-3	3.3	0.106	1357	2.251	1	99.2
3-3.12	3.3	0.094	1305	2.68	1	98.4
3.12-3.26	3.2	0.082	1332	3.042	1	99
3.26-3.44	3	0.073	1350	3.211	1	98.5
3.44-3.65	3.1	0.068	1317	3.4	1	98.9
3.65-3.93	3	0.062	1345	3.501	1	99.1
3.93-4.33	3.1	0.058	1305	3.743	1	98.3
4.33-4.95	3	0.054	1330	3.769	1	98
4.95-6.24	3.1	0.052	1347	3.201	1	99.6
6.24-50	3.1	0.047	1313	3.025	1	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.3→24.07 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	1372	10.01 %
R_work	0.1863	-	-
obs	0.1914	13709	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2067	0	16	155	2238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2133
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.587	2874
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.122	270
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	327
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	375

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.38	0.2749	139	0.2182	1217	X-RAY DIFFRACTION	97
2.38-2.47	0.2573	140	0.2035	1211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.59	0.2435	130	0.21	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.72	0.3177	136	0.2075	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.89	0.2695	155	0.2156	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.12	0.2609	126	0.2023	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.43	0.2477	143	0.2017	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.92	0.2178	142	0.1816	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.94	0.2094	131	0.1488	1239	X-RAY DIFFRACTION	99
4.94-24.07	0.2028	130	0.1721	1256	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.4168 Å / Origin y: -0.9292 Å / Origin z: 12.7149 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.153 Å²	0.0053 Å²	0.0009 Å²	-	0.1873 Å²	-0.033 Å²	-	-	0.1751 Å²
L	1.1083 °²	0.093 °²	-0.1676 °²	-	1.8658 °²	-0.4643 °²	-	-	1.2154 °²
S	0.0148 Å °	-0.1172 Å °	0.0118 Å °	0.0264 Å °	-0.0468 Å °	-0.0228 Å °	-0.0944 Å °	0.105 Å °	0.04 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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