[日本語] English
万見
- PDB-8hvj: The structure of the E. coli mRNA endoonuclease YiCC -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hvj
タイトルThe structure of the E. coli mRNA endoonuclease YiCC
要素UPF0701 protein YicC
キーワードHYDROLASE / mRNA endoonuclease / yicC / mRNA metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Conserved hypothetical protein CHP00255 / YicC-like, N-terminal / Domain of unknown function DUF1732 / Endoribonuclease YicC-like, N-terminal region / Endoribonuclease YicC-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease YicC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.05 Å
データ登録者Xie, W. / Hunag, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271322 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of the E. coli mRNA endoonuclease YiCC
著者: Xie, W. / Hunag, L.
履歴
登録2022年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UPF0701 protein YicC
B: UPF0701 protein YicC
C: UPF0701 protein YicC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6513
ポリマ－99,6513
非ポリマー00
水00
1
A: UPF0701 protein YicC
B: UPF0701 protein YicC
C: UPF0701 protein YicC

A: UPF0701 protein YicC
B: UPF0701 protein YicC
C: UPF0701 protein YicC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,3016
ポリマ－199,3016
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area18600 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area84360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.208, 77.158, 102.596
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 UPF0701 protein YicC


分子量: 33216.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: yicC, b3644, JW3619 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23839

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24.5% PEG 3350, 0.15M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH7.5, 5mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.05→102.6 Å / Num. obs: 9159 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 4.05→4.27 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 1309 / CC1/2: 0.821 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.05→102.596 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 0.032 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.122 / ESU R Free: 1.346 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3847 434 4.753 %
Rwork0.3206 8698 -
all0.324 --
obs-9132 99.88 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 196.331 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.022 Å2-0 Å20 Å2
2---2.367 Å2-0 Å2
3----2.655 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.05→102.596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6285 0 0 0 6285
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.05-4.1540.459340.347622X-RAY DIFFRACTION100
4.154-4.2670.411350.337613X-RAY DIFFRACTION100
4.267-4.3910.476300.323580X-RAY DIFFRACTION100
4.391-4.5260.427260.323598X-RAY DIFFRACTION100
4.526-4.6740.363290.31561X-RAY DIFFRACTION100
4.674-4.8370.394250.313543X-RAY DIFFRACTION100
4.837-5.020.425230.319532X-RAY DIFFRACTION100
5.02-5.2240.411190.361507X-RAY DIFFRACTION100
5.224-5.4560.522340.38494X-RAY DIFFRACTION100
5.456-5.7210.612230.396464X-RAY DIFFRACTION100
5.721-6.030.439260.378454X-RAY DIFFRACTION99.7921
6.03-6.3940.49190.39432X-RAY DIFFRACTION100
6.394-6.8330.398210.359393X-RAY DIFFRACTION100
6.833-7.3780.579130.336384X-RAY DIFFRACTION100
7.378-8.0780.258130.286351X-RAY DIFFRACTION100
8.078-9.0250.423150.277318X-RAY DIFFRACTION100
9.025-10.4080.356170.214289X-RAY DIFFRACTION100
10.408-12.7140.187110.205251X-RAY DIFFRACTION100
12.714-17.8440.197130.335191X-RAY DIFFRACTION100
17.844-102.5960.42880.783121X-RAY DIFFRACTION92.8058

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る