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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hvj | ||||||
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タイトル | The structure of the E. coli mRNA endoonuclease YiCC | ||||||
要素 | UPF0701 protein YicC | ||||||
キーワード | HYDROLASE / mRNA endoonuclease / yicC / mRNA metabolism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.05 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, W. / Hunag, L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of the E. coli mRNA endoonuclease YiCC 著者: Xie, W. / Hunag, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hvj.cif.gz | 167 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hvj.ent.gz | 132 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hvj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hvj_validation.pdf.gz | 453.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hvj_full_validation.pdf.gz | 471.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hvj_validation.xml.gz | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hvj_validation.cif.gz | 40.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/8hvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/8hvj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33216.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: yicC, b3644, JW3619 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23839 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 24.5% PEG 3350, 0.15M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH7.5, 5mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.05→102.6 Å / Num. obs: 9159 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 4.05→4.27 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 1309 / CC1/2: 0.821 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.05→102.596 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 0.032 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.122 / ESU R Free: 1.346 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 196.331 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.05→102.596 Å
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LS精密化 シェル |
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