PDB-8hvf: Crystal structure of Thaumatin (100 ms)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hvf

タイトル

Crystal structure of Thaumatin (100 ms)

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / thaumatin / radiation damage

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.13 Å

データ登録者

Nam, K.H.

資金援助

韓国, 3件

組織	認可番号	国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2017M3A9F6029736	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2021R1I1A1A01050838	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2020M3H1A1075314	韓国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Thaumatin (100 ms)
著者: Nam, K.H.

履歴

登録	2022年12月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hvf.cif.gz	94.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hvf.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hvf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/8hvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/8hvf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.931, 57.931, 150.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化	温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: tartrate acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.13→45.91 Å / Num. obs: 2350491 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 24.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.37
反射シェル	解像度: 1.13→1.17 Å / Num. unique obs: 9513 / CC_1/2: 0.647

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.13→45.91 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1794	3806	2.08 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.1682	183078	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.13→45.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1550	0	18	332	1900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1645
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.941	2232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.471	239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	297

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.13-1.14	0.3657	141	0.3277	6624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.14-1.16	0.3331	141	0.3182	6671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.16-1.18	0.3503	138	0.3312	6585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.18-1.19	0.3045	144	0.2595	6588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.19-1.21	0.3088	143	0.2793	6686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.21-1.23	0.264	138	0.233	6596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.25	0.2547	143	0.2316	6627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.25-1.27	0.2445	145	0.2409	6631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.29	0.2299	139	0.219	6652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.32	0.2433	140	0.2314	6654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.35	0.2176	144	0.2008	6635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.37	0.2156	131	0.2021	6628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.41	0.2255	144	0.2069	6657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.44	0.2152	140	0.1869	6631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.44-1.48	0.2115	139	0.1772	6629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.52	0.1882	147	0.1637	6710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.57	0.1713	138	0.155	6574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.63	0.1592	140	0.1531	6641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.69	0.1537	141	0.1462	6675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.77	0.1731	144	0.1462	6667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.87	0.1356	144	0.1472	6643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.98	0.1462	145	0.1399	6605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.14	0.154	141	0.1417	6671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.35	0.1408	142	0.14	6622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.69	0.1675	135	0.1473	6659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-3.39	0.167	142	0.1468	6663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-45.91	0.1696	137	0.1462	6648	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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