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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hva | ||||||
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タイトル | Crystal structure of EGFR_TMX in complex with covalently bound compound 14 | ||||||
要素 | Epidermal growth factor receptor | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Epidermal growth factor receptor kinase / covalent fragments / mutant EGFR / anti-cancer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å | ||||||
データ登録者 | Takahashi, M. / Dokurno, P. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023 タイトル: A covalent fragment-based strategy targeting a novel cysteine to inhibit activity of mutant EGFR kinase. 著者: Kuki, N. / Walmsley, D.L. / Kanai, K. / Takechi, S. / Yoshida, M. / Murakami, R. / Takano, K. / Tominaga, Y. / Takahashi, M. / Ito, S. / Nakao, N. / Angove, H. / Baker, L.M. / Carter, E. / ...著者: Kuki, N. / Walmsley, D.L. / Kanai, K. / Takechi, S. / Yoshida, M. / Murakami, R. / Takano, K. / Tominaga, Y. / Takahashi, M. / Ito, S. / Nakao, N. / Angove, H. / Baker, L.M. / Carter, E. / Dokurno, P. / Le Strat, L. / Macias, A.T. / Molyneaux, C.A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Hamada, T. / Hubbard, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hva.cif.gz | 76.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hva.ent.gz | 54.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hva.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/8hva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/8hva | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8hv1C 8hv2C 8hv3C 8hv4C 8hv5C 8hv6C 8hv7C 8hv8C 8hv9C 5edqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37533.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-N9R / ~{ |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TRIS pH 8.5, 0.15M Sodium citrate, 25%PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.540562 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.540562 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→14.93 Å / Num. obs: 12847 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.269 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 78307 |
反射 シェル | 解像度: 2.77→2.92 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.621 / Num. unique obs: 1879 / CC1/2: 0.433 / Rpim(I) all: 1.059 / Rrim(I) all: 2.835 / Χ2: 0.79 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EDQ 解像度: 2.77→14.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 17.977 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.759 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.77→14.93 Å
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拘束条件 |
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