PDB-8huz: the structure of trans-editing factor ProX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8huz

タイトル

the structure of trans-editing factor ProX

要素

Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

キーワード

TRANSLATION / aminoacylation / editing / tRNA

機能・相同性

Prolyl-tRNA editing protein ProX/PRXD1 / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / aminoacyl-tRNA editing activity / Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Chen, M. / Zhou, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: the structure of trans-editing factor ProX
著者: Yuan, C. / Xiao, Y. / Zhou, X. / Chen, M.

履歴

登録	2022年12月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8huz.cif.gz	370.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8huz.ent.gz	308.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8huz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8huz_validation.pdf.gz	476.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8huz_full_validation.pdf.gz	496.6 KB	表示
XML形式データ	8huz_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	8huz_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/8huz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/8huz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

F: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

A: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

B: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

C: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

D: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

E: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

113 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

登録者が定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

登録者が定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

登録者が定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

D: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

登録者が定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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6

E: Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1

登録者が定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.802, 94.722, 165.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein 1 / PrdX deacylase domain-containing protein 1 分子量: 18887.732 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prorsd1, Prdxdd1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D820

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Ammonium Sulfate, Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→47.68 Å / Num. obs: 21079 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 3.3→47.68 Å / Num. unique obs: 21079 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v3.0	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→47.677 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3372	3745	9.48 %
R_work	0.2856	-	-
obs	0.2905	21072	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→47.677 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7227	0	0	0	7227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7351
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.707	9925
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.769	4367
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1136
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1290

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3001-3.3418	0.4538	104	0.3992	1362	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3418-3.3858	0.4515	152	0.3825	1311	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3858-3.4322	0.3845	137	0.3837	1270	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4322-3.4812	0.3743	160	0.3559	1358	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4812-3.5331	0.4297	160	0.3527	1263	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5331-3.5883	0.3772	136	0.3486	1364	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5883-3.6471	0.4258	118	0.3391	1323	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6471-3.71	0.3866	143	0.3245	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.7774	0.4653	138	0.3291	1359	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7774-3.85	0.3959	132	0.339	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-3.9286	0.4035	133	0.3412	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9286-4.014	0.3779	150	0.3278	1313	X-RAY DIFFRACTION	100
4.014-4.1073	0.3532	143	0.3189	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1073-4.2099	0.439	129	0.3	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2099-4.3237	0.332	129	0.299	1352	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3237-4.4508	0.347	157	0.2915	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4508-4.5944	0.2897	135	0.2734	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5944-4.7585	0.3133	139	0.274	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7585-4.9488	0.3644	149	0.2752	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9488-5.1738	0.329	129	0.2621	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1738-5.4462	0.2856	147	0.2664	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4462-5.7868	0.3637	132	0.2711	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7868-6.2328	0.3332	141	0.3059	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2328-6.8583	0.3531	136	0.311	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8583-7.847	0.2764	138	0.2794	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
7.847-9.8719	0.2825	150	0.2128	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
9.8719-47.677	0.2821	128	0.2413	1305	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.422 Å / Origin y: -40.8288 Å / Origin z: -19.8033 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.8774 Å²	0.0139 Å²	0.1351 Å²	-	0.8498 Å²	-0.0567 Å²	-	-	0.9112 Å²
L	0.6699 °²	0.1601 °²	-0.2437 °²	-	0.0563 °²	0.098 °²	-	-	0.5827 °²
S	0.0737 Å °	0.0905 Å °	0.082 Å °	-0.2745 Å °	-0.0456 Å °	-0.09 Å °	-0.0851 Å °	-0.0857 Å °	-0.0232 Å °

精密化 TLSグループ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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