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- PDB-8huc: Crystal structure of PaIch (Pec1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8huc
タイトルCrystal structure of PaIch (Pec1)
要素MaoC_dehydrat_N domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Hydro-lyase.
機能・相同性: / N-terminal of MaoC-like dehydratase / FAS1-like, dehydratase domain region / HotDog domain superfamily / NITRATE ION / FAS1-like dehydratase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.984 Å
データ登録者Pramanik, A. / Datta, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR) インド
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional insights of itaconyl-CoA hydratase from Pseudomonas aeruginosa highlight a novel N-terminal hotdog fold.
著者: Pramanik, A. / Datta, S.
履歴
登録2022年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MaoC_dehydrat_N domain-containing protein
B: MaoC_dehydrat_N domain-containing protein
C: MaoC_dehydrat_N domain-containing protein
D: MaoC_dehydrat_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,82625
ポリマ－122,3144
非ポリマー1,51321
水17,691982
1
A: MaoC_dehydrat_N domain-containing protein
C: MaoC_dehydrat_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,02114
ポリマ－61,1572
非ポリマー86412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA
2
B: MaoC_dehydrat_N domain-containing protein
D: MaoC_dehydrat_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,80511
ポリマ－61,1572
非ポリマー6489
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.312, 66.197, 77.462
Angle α, β, γ (deg.)102.45, 95.07, 101.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
MaoC_dehydrat_N domain-containing protein


分子量: 30578.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
遺伝子: PA14_52910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z790
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 982 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 200mM Potassium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31.76 Å / Num. obs: 83791 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 18.86 % / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / Num. unique obs: 7025 / CC1/2: 0.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUMv3.0データ削減
PROTEUMv3.0データスケーリング
AutoSol位相決定
Cootモデル構築
PHENIXv1.14精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.984→27.586 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 1843 2.39 %
Rwork0.1822 --
obs0.1831 77191 90.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.984→27.586 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8197 0 98 982 9277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16811612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.8716384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.984-2.03720.3332950.30784234X-RAY DIFFRACTION66
2.0372-2.09710.28181490.26485548X-RAY DIFFRACTION87
2.0971-2.16480.3231240.24055548X-RAY DIFFRACTION87
2.1648-2.24210.30411400.21755560X-RAY DIFFRACTION87
2.2421-2.33180.27231420.20155656X-RAY DIFFRACTION88
2.3318-2.43790.24571390.18835760X-RAY DIFFRACTION90
2.4379-2.56640.2391420.18915867X-RAY DIFFRACTION92
2.5664-2.7270.24261380.18626016X-RAY DIFFRACTION94
2.727-2.93730.22441640.18055967X-RAY DIFFRACTION94
2.9373-3.23250.2311480.17936209X-RAY DIFFRACTION96
3.2325-3.69930.1731540.15446257X-RAY DIFFRACTION98
3.6993-4.65710.16431570.13536370X-RAY DIFFRACTION99
4.6571-27.5860.1811510.16666356X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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