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- PDB-8hua: Serial synchrotron crystallography structure of ba3-type cytochro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hua
タイトルSerial synchrotron crystallography structure of ba3-type cytochrome c oxidase from Thermus thermophilus using a goniometer compatible flow-cell
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
キーワードELECTRON TRANSPORT / Membrane protein / bioenergetics / serial crystallography / lipidic cubic phase / flow-cell / sample delivery system
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-AS / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Ghosh, S. / Zoric, D. / Bjelcic, M. / Johannesson, J. / Sandelin, E. / Branden, G. / Neutze, R.
資金援助 スウェーデン, European Union, 6件
組織認可番号国
Swedish Research Council2015-00560 スウェーデン
European Union (EU)789030European Union
European Union (EU)963936European Union
The Swedish Foundation for Strategic Research17-0060 スウェーデン
Swedish Research Council2017-06734 スウェーデン
Swedish Research Council2021-05662 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2023
タイトル: A simple goniometer-compatible flow cell for serial synchrotron X-ray crystallography.
著者: Ghosh, S. / Zoric, D. / Dahl, P. / Bjelcic, M. / Johannesson, J. / Sandelin, E. / Borjesson, P. / Bjorling, A. / Banacore, A. / Edlund, P. / Aurelius, O. / Milas, M. / Nan, J. / Shilova, A. / ...著者: Ghosh, S. / Zoric, D. / Dahl, P. / Bjelcic, M. / Johannesson, J. / Sandelin, E. / Borjesson, P. / Bjorling, A. / Banacore, A. / Edlund, P. / Aurelius, O. / Milas, M. / Nan, J. / Shilova, A. / Gonzalez, A. / Mueller, U. / Branden, G. / Neutze, R.
履歴
登録2022年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen / pdbx_validate_chiral
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,96722
ポリマ－85,8913
非ポリマー7,07619
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13830 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area26030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.060, 100.170, 96.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c ba(3) subunit I / Cytochrome c oxidase polypeptide I / Cytochrome cba3 subunit 1


分子量: 63540.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: cbaA, TTHA1135 / 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ79, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c ba(3) subunit II / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome cba3 subunit 2


分子量: 18581.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaB, ctaC, TTHA1134 / 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ80, cytochrome-c oxidase

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c ba(3) subunit IIA / Cytochrome c oxidase polypeptide IIA / Cytochrome cba3 subunit 2A


分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaD, TTHA1133 / 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: P82543, cytochrome-c oxidase

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非ポリマー , 6種, 123分子

#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.3
詳細: 1.4 M NaCl, 100 mM MES pH 5.3 with 36 % to 39 % (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→25.802 Å / Num. obs: 65010 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 123.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.12→2.2 Å / Num. unique obs: 6268 / CC1/2: 0.52
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: Capillary-based flow-cell / Flow rate: 1.2 µL/min / Injector diameter: 200 µm / Injector temperature: 298 K

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→25.802 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.174 / WRfactor Rwork: 0.142 / SU B: 4.907 / SU ML: 0.119 / Average fsc free: 0.9029 / Average fsc work: 0.9055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1844 3207 5.076 %
Rwork0.152 59978 -
all0.154 --
obs-63185 99.932 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 48.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.014 Å20 Å20.007 Å2
2---0.016 Å20 Å2
3----0.004 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→25.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5910 0 384 104 6398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.721.6618841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2761.57514636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2625749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.98520.608263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47315890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3841526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1780.25442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.23105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.22895
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.120.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2720.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2220.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6644.6763005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6624.6753003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8617.0043751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8617.0043751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6895.4393484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6885.443485
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8867.8425089
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8857.8445090
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.12855.1577229
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.12855.1467219
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc workWRfactor Rwork
2.12-2.1750.3262050.31244290.31246340.7010.7110.292
2.175-2.2340.2882480.28242250.28244730.7560.7610.26
2.234-2.2980.2711990.25742060.25844050.8270.8270.235
2.298-2.3680.2262040.22740550.22742590.870.8730.203
2.368-2.4450.2411870.21439810.21641680.8940.8880.184
2.445-2.530.2211840.19238360.19340200.8980.9140.165
2.53-2.6250.212030.16936260.17138290.9260.9340.143
2.625-2.7310.1941810.15535220.15737030.9360.9450.131
2.731-2.8510.2031870.14534200.14836070.9430.9540.125
2.851-2.9880.1751980.13931760.14133740.9510.9580.12
2.988-3.1470.1831920.13131000.13432920.9540.9620.118
3.147-3.3350.1711510.12629330.12930840.9630.9690.115
3.335-3.5610.1831460.11827580.12129040.9620.9730.11
3.561-3.840.1311780.10725220.10827000.9760.980.103
3.84-4.1980.151280.11223840.11425120.9670.9770.111
4.198-4.6780.1451480.12521270.12622750.970.9740.128
4.678-5.3720.185790.1419220.14220010.9620.9650.148
5.372-6.5090.155760.15116490.15117250.9650.9680.16
6.509-8.9260.162760.13212960.13313720.9730.9750.152
8.926-25.8020.286370.1768110.188480.9190.9570.208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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