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- PDB-8hu7: Crystal structure of FGF2-M1 mutant - D28E/C78L/C96I/S137P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hu7
タイトルCrystal structure of FGF2-M1 mutant - D28E/C78L/C96I/S137P
要素Fibroblast growth factor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Basic fibroblast growth factor / fibroblast growth factor 2
機能・相同性
機能・相同性情報


growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death / Formation of intermediate mesoderm / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis ...growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death / Formation of intermediate mesoderm / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / chondroblast differentiation / lymphatic endothelial cell migration / chemokine binding / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of stem cell differentiation / Formation of the nephric duct / positive regulation of epithelial tube formation / receptor-receptor interaction / hyaluronan catabolic process / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / glial cell differentiation / negative regulation of wound healing / inner ear auditory receptor cell differentiation / stem cell development / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / embryonic morphogenesis / fibroblast growth factor receptor binding / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / FGFR1b ligand binding and activation / mammary gland epithelial cell differentiation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / paracrine signaling / negative regulation of fibroblast migration / cell migration involved in sprouting angiogenesis / embryo development ending in birth or egg hatching / endothelial cell proliferation / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / Syndecan interactions / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of neuroblast proliferation / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR2 / positive regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of stem cell proliferation / PI-3K cascade:FGFR4 / chemoattractant activity / PI-3K cascade:FGFR1 / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of cell division / Non-integrin membrane-ECM interactions / PI3K Cascade / neuroblast proliferation / response to axon injury / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / negative regulation of stem cell proliferation / release of sequestered calcium ion into cytosol / FRS-mediated FGFR3 signaling / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell proliferation / Signaling by FGFR2 in disease / substantia nigra development / ERK1 and ERK2 cascade / Signaling by FGFR1 in disease / positive regulation of endothelial cell migration / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Jung, Y.E. / Cha, S.S. / An, Y.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of FGF2-M1 mutant - D28E/C78L/C96I/S137P
著者: Jung, Y.E. / Cha, S.S. / An, Y.J.
履歴
登録2022年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6111
ポリマ－16,6111
非ポリマー00
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.375, 54.375, 97.012
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-213-

HOH

21A-338-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor 2 / FGF-2 / Basic fibroblast growth factor / bFGF / Heparin-binding growth factor 2 / HBGF-2


分子量: 16611.145 Da / 分子数: 1 / 変異: D28E/C78I/C96I/S137P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF2, FGFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09038
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 1.5M sodium citrate, 100mM sodium cacodylate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→47.09 Å / Num. obs: 33205 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 14.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 64.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 3023 / CC1/2: 0.837 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→47.09 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2127 2003 -
Rwork0.1851 --
obs-33184 99.76 %
原子変位パラメータBiso mean: 19.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1085 0 0 138 1223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01531112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40481495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1002153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8912425
LS精密化 シェル解像度: 1.4021→1.4371 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 --
Rwork0.2155 --
obs-2162 98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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