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万見
- PDB-8hta: Solution Structure of the C65A/C167A Mutant of Human Lipocalin-ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hta
タイトルSolution Structure of the C65A/C167A Mutant of Human Lipocalin-type Prostaglandin D Synthase
要素Prostaglandin-H2 D-isomerase
キーワードISOMERASE / LIPOCALIN / BETA-BARREL / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / GLYCOPROTEIN / PROSTAGLANDIN BIOSYNTHESIS / SECRETED / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / Transcriptional regulation of testis differentiation / negative regulation of male germ cell proliferation / prostanoid biosynthetic process / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation ...prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / Transcriptional regulation of testis differentiation / negative regulation of male germ cell proliferation / prostanoid biosynthetic process / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / rough endoplasmic reticulum / response to glucocorticoid / fatty acid binding / nuclear membrane / gene expression / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Prostaglandin-H2 D-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Miyamoto, Y. / Inui, T.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)25242046 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17300165 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21500428 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21200076 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)09J10176 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structural and interaction analysis of human lipocalin-type prostaglandin D synthase with the poorly water-soluble drug NBQX.
著者: Miyamoto, Y. / Nakatsuji, M. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Inui, T.
履歴
登録2022年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7971
ポリマ－18,7971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11570 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 5000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin-H2 D-isomerase / Beta-trace protein / Cerebrin-28 / Glutathione-independent PGD synthase / Lipocalin-type ...Beta-trace protein / Cerebrin-28 / Glutathione-independent PGD synthase / Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / L-PGDS / Prostaglandin-D2 synthase / PGD2 synthase / PGDS / PGDS2


分子量: 18796.988 Da / 分子数: 1 / 変異: C65A,C167A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGDS, PDS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41222, prostaglandin-D synthase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic13D 1H-15N TOCSY
262isotropic12D 13C-1H (HB)CB(CGCD)HD
2122isotropic13D (H)CCH-TOCSY
2112isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
2102isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
2132isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mM [U-2H] acetic acid, 500 mM [U-13C; U-15N] Prostaglandin-H2 D-isomerase, 10 % [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O15N/13C_sample_H2O90% H2O/10% D2O
solution220 mM [U-2H] acetic acid, 500 mM [U-13C; U-15N] Prostaglandin-H2 D-isomerase, 99.95 % [U-100% 2H] D2O, 99.95% D2O15N/13C_sample_D2O99.95% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMacetic acid[U-2H]1
500 mMProstaglandin-H2 D-isomerase[U-13C; U-15N]1
10 %D2O[U-99% 2H]1
20 mMacetic acid[U-2H]2
500 mMProstaglandin-H2 D-isomerase[U-13C; U-15N]2
99.95 %D2O[U-100% 2H]2
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
10.5 mM [U-13C; U-15N] Prostaglandin-H2 D-isomerase, 20 mM [U-2H] acetic acid, 90% H2O/10% D2O20 mMconditions_H2O41 atm308 K
20.5 mM [U-13C; U-15N] Prostaglandin-H2 D-isomerase, 20 mM [U-2H] acetic acid, 99.95% D2O20 mMconditions_D2O41 atm308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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