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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ht4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Acetylornithine aminotransferase complex with PLP from Corynebacterium glutamicum | ||||||
![]() | Acetylornithine aminotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Acetylornithine aminotransferase / Corynebacterium glutamicum | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetylornithine transaminase / N2-acetyl-L-ornithine:2-oxoglutarate 5-aminotransferase activity / arginine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ki, D. / Kim, K.-J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure and Functional Characterization of Acetylornithine Aminotransferase from Corynebacterium glutamicum. 著者: Ki, D. / Hong, H. / Kim, I.K. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ht2SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42318.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: argD, Cgl1397, cg1583 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% (W/V) PEG 3350, 8% Tacsimate pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 24581 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 5.126 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 161300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8HT2 解像度: 2.51→32.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 11.018 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.58 Å2 / Biso mean: 23.216 Å2 / Biso min: 2.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.51→32.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.51→2.573 Å / Rfactor Rfree error: 0
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