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- PDB-8hsv: The structure of rat beta-arrestin1 in complex with a rat Mdm2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hsv
タイトルThe structure of rat beta-arrestin1 in complex with a rat Mdm2 peptide
要素
  • Beta-arrestin-1
  • peptide from E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Arrestin
機能・相同性
機能・相同性情報


: / V2 vasopressin receptor binding / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / sensory perception of touch / G alpha (s) signalling events / alpha-1B adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone signaling pathway ...: / V2 vasopressin receptor binding / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / sensory perception of touch / G alpha (s) signalling events / alpha-1B adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone signaling pathway / protein phosphorylated amino acid binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / angiotensin receptor binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / Ub-specific processing proteases / MAP2K and MAPK activation / cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of interleukin-8 production / Clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / fibroblast activation / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / heart valve development / receptor serine/threonine kinase binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / G protein-coupled receptor internalization / arrestin family protein binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of protein processing / SUMO transferase activity / response to iron ion / NEDD8 ligase activity / cellular response to peptide hormone stimulus / atrioventricular valve morphogenesis / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / response to steroid hormone / cellular response to antibiotic / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / response to morphine / mitogen-activated protein kinase kinase binding / clathrin binding / positive regulation of muscle cell differentiation / cellular response to alkaloid / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / cardiac septum morphogenesis / blood vessel development / stress fiber assembly / ligase activity / regulation of protein catabolic process / : / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / pseudopodium / negative regulation of interleukin-6 production / response to magnesium ion / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of receptor internalization / cellular response to UV-C / cellular response to estrogen stimulus / blood vessel remodeling / cellular response to actinomycin D / negative regulation of Notch signaling pathway / phototransduction / protein localization to nucleus / ribonucleoprotein complex binding / protein autoubiquitination / clathrin-coated pit / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of cell cycle / insulin-like growth factor receptor binding / transcription repressor complex / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of mitotic cell cycle / GTPase activator activity / regulation of heart rate / proteolysis involved in protein catabolic process / ubiquitin binding / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of protein ubiquitination / nuclear estrogen receptor binding / phosphoprotein binding / response to cocaine / G protein-coupled receptor binding / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / protein destabilization / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to growth factor stimulus
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / Arrestin-like, C-terminal / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Immunoglobulin E-set / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Beta-arrestin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yun, Y. / Yoon, H.J. / Choi, Y. / Lee, H.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: GPCR targeting of E3 ubiquitin ligase MDM2 by inactive beta-arrestin.
著者: Yun, Y. / Yoon, H.J. / Jeong, Y. / Choi, Y. / Jang, S. / Chung, K.Y. / Lee, H.H.
履歴
登録2022年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-arrestin-1
E: peptide from E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: Beta-arrestin-1
F: peptide from E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3089
ポリマ－96,8274
非ポリマー4805
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.673, 80.673, 173.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Beta-arrestin-1 / Arrestin beta-1


分子量: 46505.809 Da / 分子数: 2 / 変異: C59V,C125S,C140S,C150V,C242V,C251V,C269S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arrb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29066
#2: タンパク質・ペプチド peptide from E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2


分子量: 1907.858 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: D3ZVH5, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 9.5, 5mM n-dodecyl-b-iminodipropionic acid, monosodium salt

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 25258 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.599 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 266391
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.0510.50.84412460.930.9820.2740.8870.412100
3.05-3.1110.60.83512940.9150.9770.2690.8780.405100
3.11-3.1710.70.68712150.9420.9850.220.7210.409100
3.17-3.2310.80.56713280.9490.9870.1810.5950.428100
3.23-3.310.50.45311770.9680.9920.1470.4770.421100
3.3-3.3810.60.38513190.9610.990.1240.4050.425100
3.38-3.4610.20.29412330.9820.9950.0970.310.447100
3.46-3.569.80.22212670.990.9970.0750.2340.448100
3.56-3.669.30.18912930.9940.9980.0660.20.491100
3.66-3.789.80.14912400.9960.9990.050.1570.504100
3.78-3.9110.60.14812580.9950.9990.0470.1550.523100
3.91-4.0711.20.12112650.9970.9990.0380.1270.544100
4.07-4.2611.20.09712950.9980.9990.030.1010.586100
4.26-4.4811.10.07512400.99810.0240.0790.697100
4.48-4.76110.06512810.99910.0210.0680.746100
4.76-5.13110.06512310.99910.020.0680.762100
5.13-5.6410.80.06812640.9980.9990.0220.0710.755100
5.64-6.4610.30.0712650.99810.0230.0740.716100
6.46-8.139.50.05512770.99810.0190.0580.89100
8.13-5011.40.04712700.99910.0150.0491.29399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→40.34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2085 1338 5.3 %
Rwork0.176 --
obs0.1786 25251 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5954 0 0 88 6042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3158223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.696808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068941
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011065
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.110.22871250.21962380X-RAY DIFFRACTION95
3.11-3.230.2651020.18842458X-RAY DIFFRACTION96
3.23-3.380.18171080.17642392X-RAY DIFFRACTION96
3.38-3.560.17712180.1672294X-RAY DIFFRACTION91
3.56-3.780.17551500.16192395X-RAY DIFFRACTION94
3.78-4.070.19531320.16112383X-RAY DIFFRACTION95
4.07-4.480.19091260.15042402X-RAY DIFFRACTION95
4.48-5.130.1971230.14752380X-RAY DIFFRACTION95
5.13-6.450.29051150.22842428X-RAY DIFFRACTION95
6.46-40.340.2641390.20232401X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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