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- PDB-8hsk: Insulin single mutant INS-Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hsk
タイトルInsulin single mutant INS-Q
要素
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
キーワードHORMONE / insulin mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / alpha-beta T cell activation / regulation of cellular amino acid metabolic process / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of protein secretion / regulation of protein localization to plasma membrane / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of gluconeogenesis / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / neuron projection maintenance / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / activation of protein kinase B activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / acute-phase response / Regulation of insulin secretion / endosome lumen / positive regulation of glucose import / positive regulation of protein secretion / negative regulation of proteolysis / positive regulation of cell differentiation / regulation of transmembrane transporter activity / insulin receptor binding / wound healing / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / cognition / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / vasodilation / glucose metabolic process / regulation of protein localization / insulin receptor signaling pathway / cell-cell signaling / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protease binding / secretory granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Rao, S.S. / Kundapura, S.V. / Kulal, A. / Ramagopal, U.A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Not funded インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insulin single mutant INS-Q
著者: Rao, S.S. / Kundapura, S.V. / Kulal, A. / Ramagopal, U.A.
履歴
登録2022年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0304
ポリマ－5,8382
非ポリマー1922
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area3360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.380, 78.380, 78.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

SO4

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin A chain / Small chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド Insulin B chain


分子量: 3454.027 Da / 分子数: 1 / Mutation: H10Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01308
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium sulphate, 0.1M MES monohydrate, 30% w/v PEG MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→24.8 Å / Num. obs: 9939 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 15.3 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.64→1.73 Å / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 13.5 % / Num. measured all: 18793 / Num. unique obs: 1387 / CC1/2: 0.858 / Rpim(I) all: 0.201 / Rrim(I) all: 0.757 / Net I/σ(I) obs: 3.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→24.798 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.409 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1648 439 4.417 %
Rwork0.1529 9499 -
all0.153 --
obs-9938 99.499 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 16.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→24.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数404 0 10 36 450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.013463
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.018416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6321.643632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6551.586960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.487558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.83923.625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.571579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.957152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0920.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1070.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2110.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4760.98220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4240.964219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3631.44276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3681.458277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6971.333243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5281.312236
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1451.905354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9111.869343
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.2613.043538
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.2612.758533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.6830.169350.202648X-RAY DIFFRACTION93.8187
1.683-1.7290.151150.182688X-RAY DIFFRACTION100
1.729-1.7790.145300.151676X-RAY DIFFRACTION100
1.779-1.8330.152220.14641X-RAY DIFFRACTION100
1.833-1.8930.192270.156624X-RAY DIFFRACTION100
1.893-1.960.141420.156587X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.0340.233260.17583X-RAY DIFFRACTION100
2.034-2.1170.221200.149560X-RAY DIFFRACTION100
2.117-2.2110.145220.136546X-RAY DIFFRACTION100
2.211-2.3180.136230.135524X-RAY DIFFRACTION100
2.318-2.4440.142230.135488X-RAY DIFFRACTION100
2.444-2.5910.133200.136466X-RAY DIFFRACTION100
2.591-2.770.141250.136439X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.9910.137170.156405X-RAY DIFFRACTION100
2.991-3.2760.129220.157387X-RAY DIFFRACTION100
3.276-3.6610.151180.147331X-RAY DIFFRACTION100
3.661-4.2240.122140.14315X-RAY DIFFRACTION100
4.224-5.1660.225160.153261X-RAY DIFFRACTION100
5.166-7.2740.255140.198206X-RAY DIFFRACTION100
7.274-24.7980.28680.2124X-RAY DIFFRACTION96.3504
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69140.2281-0.40720.53210.13212.15760.03390.07990.05350.03280.06070.0142-0.1332-0.116-0.09460.04550.0070.01910.04770.01920.016318.341239.807432.2261
20.5294-0.3189-1.05860.69580.02412.92270.0470.01710.0406-0.0310.0559-0.0352-0.0716-0.0815-0.10290.04590.00840.00560.05430.00230.045922.42437.492826.6775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB0 - 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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