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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hrt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum ATCC13032 (L36S/T37K/F100V/P192S) in complex with NADP | ||||||
![]() | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Son, H.F. / Kim, K.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Guided Protein Engineering of Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum for Dual NAD/NADP Cofactor Specificity. 著者: Son, H.F. / Yu, H. / Hong, J. / Lee, D. / Kim, I.K. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 281 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 226.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37101.488 Da / 分子数: 4 / 変異: L36S,T37K,F100V,P192S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gap / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium citrate dibasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月31日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 88673 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.978 / Χ2: 0.075 / Net I/σ(I): 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.307 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.99→36.72 Å
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拘束条件 |
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