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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hrf | ||||||
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タイトル | Catalytic domain of Vibrio parahaemolyticus chitinase 1 | ||||||
![]() | Chitinase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Chitinase | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakamura, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Catalytic domain of Vibrio parahaemolyticus chitinase 1 著者: Nakamura, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 298.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 192.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 480.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61976.609 Da / 分子数: 2 / 断片: GH18 catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: BS585_05230 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10% PEG 8000, 100 mM CaAc2, 100 mM Na-cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→28.7 Å / Num. obs: 39898 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 14.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 5.63 / Num. unique obs: 3994 / % possible all: 97.42 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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