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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hrf | ||||||
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タイトル | Catalytic domain of Vibrio parahaemolyticus chitinase 1 | ||||||
要素 | Chitinaseキチナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Chitinase (キチナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 酢酸塩 / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Nakamura, A. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Catalytic domain of Vibrio parahaemolyticus chitinase 1 著者: Nakamura, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hrf.cif.gz | 298.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hrf.ent.gz | 192.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hrf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/8hrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/8hrf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61976.609 Da / 分子数: 2 / 断片: GH18 catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 遺伝子: BS585_05230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E1IK76 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10% PEG 8000, 100 mM CaAc2, 100 mM Na-cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→28.7 Å / Num. obs: 39898 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 14.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 5.63 / Num. unique obs: 3994 / % possible all: 97.42 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→28.7 Å / SU ML: 0.3037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0442 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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