PDB-8hr6: leucine DEHYDROGENASE STRUCTURE IN TERNARY COMPLEX WITH NAD+ from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hr6

タイトル

leucine DEHYDROGENASE STRUCTURE IN TERNARY COMPLEX WITH NAD+ from Bacillus thuringiensis

要素

Leucine dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / leucine DEHYDROGENASE STRUCTURE IN TERNARY COMPLEX WITH NAD+ from Bacillus thuringiensis

機能・相同性

NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.52 Å

データ登録者

Li, X. / Song, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: A Tri-Enzyme Cascade for Efficient Production of L-2-Aminobutyrate from L-Threonine.
著者: Li, X. / Gao, C. / Wei, W. / Song, W. / Meng, W. / Liu, J. / Chen, X. / Gao, C. / Guo, L. / Liu, L. / Wu, J.

履歴

登録	2022年12月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hr6.cif.gz	286.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hr6.ent.gz	236.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hr6_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hr6_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	8hr6_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	8hr6_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/8hr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/8hr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hpeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Leucine dehydrogenase

B: Leucine dehydrogenase

ヘテロ分子

82.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.434, 121.434, 178.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Leucine dehydrogenase / Leucine dehydrogenase Ldh 分子量: 39865.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 遺伝子: ldh1, BK774_17255, BK775_32270, BTGOE4_46100, BUM91_06765, C5676_00473, D7J84_18335, GH851_02505, GH891_02550 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G3E5D9, EC: 1.4.1.9
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% glycerol, 3.75% isopropanol, 1.5M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.52→30.79 Å / Num. obs: 17215 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 3.52→3.85 Å / Num. unique obs: 4016 / CC_1/2: 0.948

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
REFMAC	5	精密化
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.52→30.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 63.832 / SU ML: 0.434 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.587 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27867	860	5 %	RANDOM
R_work	0.22953	-	-	-
obs	0.232	16295	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.39 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.52→30.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5470	0	143	3	5616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	5691
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5343
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.38	1.643	7719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.124	1.584	12293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.019	5	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.15	22.784	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.752	15	951
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.431	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.703	4.829	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.703	4.829	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.014	7.236	3559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.014	7.237	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.425	5.282	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.373	5.152	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.535	7.688	4094
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.278	58.055	6176
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.199	58.053	6175
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10851 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 3.53→3.608 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.43	64	-
R_work	0.319	1164	-
obs	-	-	98.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0675	0.0622	0.4366	1.3402	0.1525	0.7683	-0.0116	0.1073	-0.2348	-0.0342	-0.007	-0.0962	0.0958	0.0044	0.0187	0.4065	0.0551	0.0295	0.3138	-0.0375	0.2713	9.8662	31.1947	38.2522
2	0.148	-0.1964	-0.6611	0.2865	1.042	4.1232	0.0339	0.1565	0.0092	0.0282	-0.1551	0.0271	0.1978	-0.2433	0.1212	0.3291	0.0833	0.1687	0.4384	-0.0729	0.2477	22.488	31.9452	12.1118
3	7.8399	1.5594	-2.6951	6.3314	-0.2787	4.3324	-0.0043	-0.4256	0.0135	-0.0237	-0.1065	-0.5929	0.5614	-0.0439	0.1108	0.273	0.1225	0.0688	0.3806	-0.0651	0.1576	34.2963	25.8448	23.7631
4	1.3012	-0.9542	-1.7267	0.7016	1.2841	2.4789	0.0126	-0.0815	-0.032	-0.0339	0.0673	0.0154	-0.2506	0.2041	-0.0799	0.4155	0.0427	0.0564	0.3503	0.0026	0.3264	24.6909	45.1762	30.8438
5	1.8908	-1.3281	-0.077	1.8488	-0.4955	0.3368	-0.2096	-0.1368	-0.1807	0.1748	0.1648	0.0159	-0.0117	-0.0231	0.0448	0.4182	0.0278	0.0091	0.3739	0.0747	0.2578	7.0135	31.4703	62.5529
6	1.3797	2.8185	0.1265	5.786	0.1703	0.5262	0.2143	-0.1471	-0.17	0.5654	-0.2137	-0.321	-0.3544	-0.0422	-0.0006	0.6103	0.3921	0.1015	0.5263	0.1968	0.0847	-4.1731	26.8495	89.2157
7	2.4692	0.1891	1.3338	0.1019	0.047	0.8393	0.2612	-0.1485	0.2626	-0.0019	-0.2351	0.047	0.2993	0.0438	-0.0261	0.4933	0.0611	-0.1024	0.5916	-0.0239	0.3872	5.6372	23.8353	93.7163
8	7.4564	0.1162	4.5021	4.5806	-1.1162	3.0389	-1.1074	0.088	-1.3478	0.3865	1.9191	0.2276	-0.7524	-0.3854	-0.8117	0.2685	0.2758	0.3413	1.0205	0.3071	0.4689	-2.525	13.6907	81.2392
9	2.6754	1.488	-0.8058	7.7705	-0.851	0.3339	-0.6286	-0.2239	-0.0439	0.0036	0.7651	0.0019	0.0913	-0.0768	-0.1365	0.3478	0.0709	0.1015	0.4143	0.2684	0.3163	-9.3977	31.8302	74.021
10	1.4354	-0.8728	1.4673	0.7744	-1.2646	2.1649	0.076	-0.4325	-0.0724	-0.4217	0.2482	0.1015	0.5709	-0.4078	-0.3242	0.6332	-0.035	0.0427	0.3403	0.0929	0.3239	-12.6602	33.5272	58.8197

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	132 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	264 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	285 - 365
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 168
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	169 - 197
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	198 - 218
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	219 - 277
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	278 - 328
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	329 - 365

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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