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- PDB-8hql: Crystal structure of mouse SNX25 PX domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hql
タイトルCrystal structure of mouse SNX25 PX domain
要素Sorting nexin-25
キーワードPROTEIN TRANSPORT / PX domain / Sorting nexins / SNX25
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor catabolic process / type I transforming growth factor beta receptor binding / phosphatidylinositol binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein transport / endosome membrane / endosome
類似検索 - 分子機能
SNX25, PX domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 ...SNX25, PX domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / RGS domain / PX domain superfamily / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Sorting nexin-25
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yu, Z. / Xu, J. / Liu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171213 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse SNX25 PX domain
著者: Yu, Z. / Xu, J. / Liu, J.
履歴
登録2022年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-25
B: Sorting nexin-25
C: Sorting nexin-25
D: Sorting nexin-25
E: Sorting nexin-25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,85743
ポリマ－74,2205
非ポリマー5,63738
水2,414134
1
A: Sorting nexin-25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,29311
ポリマ－14,8441
非ポリマー1,44910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sorting nexin-25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3098
ポリマ－14,8441
非ポリマー1,4657
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sorting nexin-25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6389
ポリマ－14,8441
非ポリマー7948
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sorting nexin-25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9858
ポリマ－14,8441
非ポリマー1,1417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Sorting nexin-25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6327
ポリマ－14,8441
非ポリマー7886
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
A: Sorting nexin-25
B: Sorting nexin-25
ヘテロ分子

A: Sorting nexin-25
B: Sorting nexin-25
ヘテロ分子

D: Sorting nexin-25
ヘテロ分子

D: Sorting nexin-25
ヘテロ分子

C: Sorting nexin-25
E: Sorting nexin-25
ヘテロ分子

C: Sorting nexin-25
E: Sorting nexin-25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,71486
ポリマ－148,43910
非ポリマー11,27576
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation10_564-y,-x+1,-z-1/61
crystal symmetry operation5_554y,-x+y,z-1/61
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area28670 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area59350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.680, 92.680, 449.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-706-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Sorting nexin-25


分子量: 14843.917 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Snx25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ZT31

-
非ポリマー , 5種, 172分子

#2: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.8 M Magnesium sulfate hydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.97 Å / Num. obs: 46187 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 360104
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Num. measured all: 35765 / Num. unique obs: 4398 / CC1/2: 0.804 / Rpim(I) all: 0.285 / Rrim(I) all: 0.832 / Net I/σ(I) obs: 2.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.357 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24186 2319 5 %RANDOM
Rwork0.19858 ---
obs0.20074 43809 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.811 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å2-0 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4851 0 224 134 5209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0135135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8771.6386844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3761.57511617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2755594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73222.463272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.26515916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.1311535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.0195.3552399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.025.352396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.7688.0082984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.7678.012985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.966.1732736
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.9596.1732737
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.9348.8463861
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.65360.9765393
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.65260.995394
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A35450.12
12B35450.12
21A36500.13
22C36500.13
31A35830.11
32D35830.11
41A36520.11
42E36520.11
51B35210.12
52C35210.12
61B36700.09
62D36700.09
71B35490.12
72E35490.12
81C35530.12
82D35530.12
91C36290.12
92E36290.12
101D36010.1
102E36010.1
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 175 -
Rwork0.29 3132 -
obs--99.79 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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