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- PDB-8hq8: Bry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hq8
タイトルBry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans
要素siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Light-harvesting complexes / siphonaxanthin / siphonein
機能・相同性Siphonaxanthin / Siphonein / TRIMETHYL GLYCINE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-NEX
機能・相同性情報
生物種Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, Z.H. / Shen, J.R. / Wang, W.D.
資金援助 中国, 9件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2019YFA0906300 中国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
Chinese Academy of SciencesXDA26050402 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
Chinese Academy of Sciences2020081 中国
Chinese Academy of SciencesJCTD-2020-06 中国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
Chinese Academy of Sciences32222007 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural and functional properties of different types of siphonous LHCII trimers from an intertidal green alga Bryopsis corticulans.
著者: Zhenhua Li / Cuicui Zhou / Songhao Zhao / Jinyang Zhang / Xueyang Liu / Min Sang / Xiaochun Qin / Yanyan Yang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the ...Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the structure of a siphonous-type LHCII trimer from the intertidal green alga Bryopsis corticulans by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM), and analyzed its functional properties by spectral analysis. The Bryopsis LHCII (Bry-LHCII) structures in both homotrimeric and heterotrimeric form show that green light-absorbing siphonaxanthin and siphonein occupied the sites of lutein and violaxanthin in plant LHCII, and two extra chlorophylls (Chls) b replaced Chls a. Binding of these pigments expands the blue-green light absorption of B. corticulans in the tidal zone. We observed differences between the Bry-LHCII homotrimer crystal and cryo-EM structures, and also between Bry-LHCII homotrimer and heterotrimer cryo-EM structures. These conformational changes may reflect the flexibility of Bry-LHCII, which may be required to adapt to light fluctuations from tidal rhythms.
履歴
登録2022年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
B: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
C: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
D: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
E: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
F: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,922135
ポリマ－160,1776
非ポリマー101,746129
水73941
1
A: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
B: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
C: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,21971
ポリマ－80,0883
非ポリマー52,13168
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area74680 Å2
ΔGint-591 kcal/mol
Surface area27200 Å2
手法PISA
2
D: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
E: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
F: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,70364
ポリマ－80,0883
非ポリマー49,61561
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area72830 Å2
ΔGint-587 kcal/mol
Surface area26880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.720, 91.610, 169.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDEF

#1: タンパク質
siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1


分子量: 26696.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
#4: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 10種, 165分子

#2: 化合物
ChemComp-0IE / Siphonaxanthin / シホナキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物
ChemComp-0UR / Siphonein


分子量: 781.157 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C52H76O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE / ベタイン


分子量: 118.154 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12NO2
#11: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES, PEG 1000, magnesium chloride,betaine, Cymal3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 68491 / % possible obs: 94.29 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 13.84
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.062 / Num. unique obs: 1284

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18_3861: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→39.9 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 1954 2.94 %
Rwork0.2071 --
obs0.2083 66574 66.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10051 0 6388 41 16480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02117474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23323553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5595893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531874
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053062
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.5349260.3972842X-RAY DIFFRACTION12
2.67-2.740.35330.30371104X-RAY DIFFRACTION16
2.74-2.820.3601430.2961415X-RAY DIFFRACTION20
2.82-2.910.4493570.30581882X-RAY DIFFRACTION27
2.91-3.010.3144710.2822385X-RAY DIFFRACTION34
3.01-3.130.28581000.2673264X-RAY DIFFRACTION47
3.13-3.280.29861580.25695223X-RAY DIFFRACTION75
3.28-3.450.29842040.22026772X-RAY DIFFRACTION98
3.45-3.660.2622090.20286918X-RAY DIFFRACTION99
3.66-3.950.21852080.17856874X-RAY DIFFRACTION99
3.95-4.340.21892100.16476939X-RAY DIFFRACTION99
4.34-4.970.22232090.17346938X-RAY DIFFRACTION99
4.97-6.260.24362110.21976976X-RAY DIFFRACTION99
6.26-39.90.25492150.22737088X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 52.5265 Å / Origin y: 58.2831 Å / Origin z: 123.0319 Å
111213212223313233
T0.5083 Å20.3034 Å20.0404 Å2-0.1464 Å20.0762 Å2--0.3251 Å2
L6.0911 °2-0.2568 °2-0.2629 °2-0.5791 °20.0438 °2--0.8551 °2
S-0.0215 Å °-0.0832 Å °0.3012 Å °0.192 Å °0.0483 Å °-0.0237 Å °0.0678 Å °0.051 Å °-0.02 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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