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万見
- PDB-8hpp: Crystal structure of human INTS3 with SAGE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hpp
タイトルCrystal structure of human INTS3 with SAGE1
要素
  • Integrator complex subunit 3
  • Sarcoma antigen 1
キーワードTRANSCRIPTION / Integrator / Cancer-Testis Antigen / Tumorigenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


SOSS complex / INTAC complex / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / integrator complex / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes ...SOSS complex / INTAC complex / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / integrator complex / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / double-strand break repair via homologous recombination / site of double-strand break / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Integrator complex subunit 3, N-terminal / Integrator complex subunit 3 / : / Integrator complex subunit 3 N-terminal / Ints3-like, C-terminal HEAT repeats / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45, C-terminal / : / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45 C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 3 / Sarcoma antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Deng, W. / Wu, J. / Lei, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cancer-testis antigen SAGE1 is a pan-cancer master regulator of RNA polymerase II
著者: Deng, W. / Wu, J. / Lei, M.
履歴
登録2022年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrator complex subunit 3
B: Integrator complex subunit 3
C: Sarcoma antigen 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6873
ポリマ－118,6873
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area42950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)260.119, 46.241, 103.104
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.280, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Integrator complex subunit 3 / Int3 / SOSS complex subunit A / Sensor of single-strand DNA complex subunit A / SOSS-A / Sensor of ...Int3 / SOSS complex subunit A / Sensor of single-strand DNA complex subunit A / SOSS-A / Sensor of ssDNA subunit A


分子量: 53929.332 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS3, C1orf193, C1orf60 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68E01
#2: タンパク質 Sarcoma antigen 1 / Cancer/testis antigen 14 / CT14


分子量: 10827.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAGE1, SAGE / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NXZ1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 % / Mosaicity: 0.378 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate and 25% Ethylene Glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. obs: 22718 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 0.928 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 92299
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.113.60.51819400.794184.1
3.11-3.233.90.44921410.821192.2
3.23-3.3840.33622270.79198.2
3.38-3.564.20.24923330.848199.7
3.56-3.784.20.16523010.8711100
3.78-4.074.20.12222980.9081100
4.07-4.484.20.08323350.9551100
4.48-5.134.20.0723501.0751100
5.13-6.464.10.08223551.2291100
6.46-1003.90.03124380.914199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 22.214 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2573 1101 4.9 %RANDOM
Rwork0.2152 ---
obs0.2173 21484 97.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 262.43 Å2 / Biso mean: 110.119 Å2 / Biso min: 34.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.95 Å2-0 Å20.71 Å2
2---7.76 Å20 Å2
3---9.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7102 0 0 0 7102
残基数----875
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0127224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9751.6259741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1615870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.84824.36383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.888151407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9171530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025343
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 77 -
Rwork0.291 1349 -
all-1426 -
obs--83.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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