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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hpo | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a SIN3/HDAC complex from budding yeast | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / SIN3 / HDAC (ヒストン脱アセチル化酵素) / deacetylase / Rpd3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / regulation of invasive growth in response to glucose limitation / PI5P Regulates TP53 Acetylation / conjugation with cellular fusion / Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / invasive growth in response to glucose limitation / : ...: / regulation of invasive growth in response to glucose limitation / PI5P Regulates TP53 Acetylation / conjugation with cellular fusion / Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / invasive growth in response to glucose limitation / : / protein localization to nucleolar rDNA repeats / Rpd3L complex / Rpd3S complex / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / regulation of meiotic nuclear division / SUMOylation of transcription cofactors / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / HDACs deacetylate histones / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / NuRD complex / ヒストン脱アセチル化酵素 / SUMOylation of chromatin organization proteins / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / histone deacetylase activity / Sin3-type complex / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of macroautophagy / histone deacetylase complex / heterochromatin formation / methylated histone binding / nuclear periphery / meiotic cell cycle / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / histone deacetylase binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / transcription corepressor activity / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / 細胞周期 / 細胞分裂 / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, Z. / Zhan, X. / Wang, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Structure of a SIN3-HDAC complex from budding yeast. 著者: Zhouyan Guo / Chen Chu / Yichen Lu / Xiaofeng Zhang / Yihang Xiao / Mingxuan Wu / Shuaixin Gao / Catherine C L Wong / Xiechao Zhan / Chengcheng Wang / 要旨: SIN3-HDAC (histone deacetylases) complexes have important roles in facilitating local histone deacetylation to regulate chromatin accessibility and gene expression. Here, we present the cryo-EM ...SIN3-HDAC (histone deacetylases) complexes have important roles in facilitating local histone deacetylation to regulate chromatin accessibility and gene expression. Here, we present the cryo-EM structure of the budding yeast SIN3-HDAC complex Rpd3L at an average resolution of 2.6 Å. The structure reveals that two distinct arms (ARM1 and ARM2) hang on a T-shaped scaffold formed by two coiled-coil domains. In each arm, Sin3 interacts with different subunits to create a different environment for the histone deacetylase Rpd3. ARM1 is in the inhibited state with the active site of Rpd3 blocked, whereas ARM2 is in an open conformation with the active site of Rpd3 exposed to the exterior space. The observed asymmetric architecture of Rpd3L is different from those of available structures of other class I HDAC complexes. Our study reveals the organization mechanism of the SIN3-HDAC complex and provides insights into the interaction pattern by which it targets histone deacetylase to chromatin. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hpo.cif.gz | 680.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hpo.ent.gz | 521.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hpo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hpo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 34935MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Transcriptional regulatory protein ... , 8種, 9分子 KDIABHCEJ
#1: タンパク質 | 分子量: 51075.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q03010 | ||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 37765.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P40505 | ||||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 23144.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P38429 | ||||||||
#6: タンパク質 | 分子量: 175047.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P22579 #7: タンパク質 | | 分子量: 47035.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P31385 #8: タンパク質 | | 分子量: 37081.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P50947 #9: タンパク質 | | 分子量: 48844.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P38255 #10: タンパク質 | | 分子量: 33851.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q07458 |
-Histone deacetylase ... , 2種, 2分子 FG
#3: タンパク質 | 分子量: 49361.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P32561, ヒストン脱アセチル化酵素 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 48961.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P32561, ヒストン脱アセチル化酵素 |
-非ポリマー , 3種, 7分子
#11: 化合物 | ChemComp-TPO / | ||
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#12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-K / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The Rpd3L complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 665105 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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