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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hpn | ||||||
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タイトル | LpqY-SugABC in state 3 | ||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / Trehalose / ABC transporter / tuberculosis | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / carbohydrate transport / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.55 Å | ||||||
![]() | Liang, J. / Yang, X. / Zhang, B. / Rao, Z. / Liu, F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into trehalose capture and translocation by mycobacterial LpqY-SugABC. 著者: Jingxi Liang / Xiuna Yang / Tianyu Hu / Yan Gao / Qi Yang / Haitao Yang / Wei Peng / Xiaoting Zhou / Luke W Guddat / Bing Zhang / Zihe Rao / Fengjiang Liu / ![]() ![]() 要旨: The human pathogen, Mycobacterium tuberculosis (Mtb) relies heavily on trehalose for both survival and pathogenicity. The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the only ...The human pathogen, Mycobacterium tuberculosis (Mtb) relies heavily on trehalose for both survival and pathogenicity. The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the only trehalose import pathway in Mtb. Conformational dynamics of ABC transporters is an important feature to explain how they operate, but experimental structures are determined in a static environment. Therefore, a detailed transport mechanism cannot be elucidated because there is a lack of intermediate structures. Here, we used single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine the structure of the Mycobacterium smegmatis (M. smegmatis) trehalose-specific importer LpqY-SugABC complex in five different conformations. These structures have been classified and reconstructed from a single cryo-EM dataset. This study allows a comprehensive understanding of the trehalose recycling mechanism in Mycobacteria and also demonstrates the potential of single-particle cryo-EM to explore the dynamic structures of other ABC transporters and molecular machines. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 292.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 229.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 86.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34934MC ![]() 8hplC ![]() 8hpmC ![]() 8hprC ![]() 8hpsC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AE
#1: タンパク質 | 分子量: 32739.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: sugA, MSMEI_4933 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: I7G6S2 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 50183.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MSMEG_5061 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0R2C3 |
-ABC transporter, ... , 2種, 3分子 BCD
#2: タンパク質 | 分子量: 29839.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MSMEG_5059 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0R2C1 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 43702.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MSMEG_5058 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0R2C0 |
-糖 / 非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
#5: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose |
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#6: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Trehalose-specific importer LpqY-SugABC complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #4, #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 4.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43387 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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