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万見
- PDB-8hpk: Crystal structure of the bacterial oxalate transporter OxlT in an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hpk
タイトルCrystal structure of the bacterial oxalate transporter OxlT in an oxalate-bound occluded form
要素
  • Fab fragment Heavy chein
  • Fab fragment Light chain
  • Oxalate:formate antiporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / major facilitator superfamily membrane protein transporter / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate transmembrane transporter activity / antiporter activity / monoatomic ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oxalate/formate antiporter family transporter / Oxalate/formate antiporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALATE ION / Oxalate:formate antiporter
類似検索 - 構成要素
生物種Oxalobacter formigenes (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shimamura, T. / Hirai, T. / Yamashita, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03195 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure and mechanism of oxalate transporter OxlT in an oxalate-degrading bacterium in the gut microbiota.
著者: Jaunet-Lahary, T. / Shimamura, T. / Hayashi, M. / Nomura, N. / Hirasawa, K. / Shimizu, T. / Yamashita, M. / Tsutsumi, N. / Suehiro, Y. / Kojima, K. / Sudo, Y. / Tamura, T. / Iwanari, H. / ...著者: Jaunet-Lahary, T. / Shimamura, T. / Hayashi, M. / Nomura, N. / Hirasawa, K. / Shimizu, T. / Yamashita, M. / Tsutsumi, N. / Suehiro, Y. / Kojima, K. / Sudo, Y. / Tamura, T. / Iwanari, H. / Hamakubo, T. / Iwata, S. / Okazaki, K.I. / Hirai, T. / Yamashita, A.
履歴
登録2022年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxalate:formate antiporter
H: Fab fragment Heavy chein
L: Fab fragment Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0804
ポリマ－92,9923
非ポリマー881
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.950, 233.190, 50.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Oxalate:formate antiporter / OFA / Oxalate:formate antiport protein / Oxalate:formate exchange protein


分子量: 45787.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes (バクテリア)
遺伝子: oxlT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51330
#2: 抗体 Fab fragment Heavy chein


分子量: 23610.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab fragment Light chain


分子量: 23594.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.05 M NaCl, 26% (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.6 Å / Num. obs: 22609 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 46.98 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.94 Å / Num. unique obs: 1130 / CC1/2: 0.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.9.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PW4, 1XF4

1pw4

1xf4


解像度: 3→21.1 Å / SU ML: 0.3632 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3141
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 1859 8.87 %
Rwork0.2369 19091 -
obs0.2406 20950 74.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→21.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6194 0 6 0 6200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00266364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5848668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4411875
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.080.3327450.2962467X-RAY DIFFRACTION24.53
3.08-3.170.318590.2896604X-RAY DIFFRACTION30.79
3.17-3.270.3534760.3053767X-RAY DIFFRACTION40.32
3.27-3.390.31621020.26891047X-RAY DIFFRACTION52.83
3.39-3.520.32551150.28361195X-RAY DIFFRACTION62.41
3.52-3.680.30911370.26071402X-RAY DIFFRACTION71.38
3.68-3.880.28731610.24231659X-RAY DIFFRACTION84.77
3.88-4.120.28771790.24341839X-RAY DIFFRACTION94.26
4.12-4.430.24951930.21931973X-RAY DIFFRACTION99.95
4.43-4.880.24861930.20131988X-RAY DIFFRACTION100
4.88-5.570.24821940.20241999X-RAY DIFFRACTION100
5.57-6.970.32141980.24352029X-RAY DIFFRACTION99.96
6.98-21.10.25172070.23822122X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.426407975415-0.315863043838-0.2007946190740.8373335195230.2850077851010.1759181942670.1386356695760.1936477119450.0547942285461-0.409927472185-0.233182565909-0.06606923839710.0970539449816-0.00805421152825-0.1250406760240.4231048112720.09201463806040.2467655817890.1559793454750.003671128179060.29585288476526.909498036779.32046761277.55902305623
20.77103566046-0.7329248579010.1964797890760.90801509518-0.4340513802680.6382647036890.0427187179744-0.07261372055740.443778410520.0588271178364-0.0397306009211-0.325406606574-0.2101252209580.147256125179-0.5030167922360.214394456887-0.03096362012290.1940482922630.134203305127-0.1215590462750.35190353567434.465746984883.466513343424.1168191674
31.938024991890.93901195937-0.3723704553233.138484239121.300092646133.559542380890.2403362633020.1299499561630.00889230199117-0.0855127929895-0.1975541885130.3046177201810.0645638249219-0.2497300111750.1141037711330.7177767455030.251564121208-0.07829559844280.371930465587-0.09990989596920.26205006401627.411489877738.207917986912.6770314784
41.04078458574-0.2942067074950.03641454473020.228671903374-0.48025762481.505438496220.3293525414090.0637890953283-0.417575888812-0.400248559203-0.0489093057930.01678903014260.8392180301560.1614546417690.02985009790980.7770940165990.119925827661-0.1479364509860.414213563585-0.04153236256530.25967277421428.239087815527.988157477618.135302098
52.93627849956-1.668584596360.8414268142913.810495936462.12967672542.616337815550.159433355863-0.0308822025536-0.686608473987-0.574841737875-0.05135104518820.8323902408450.235136993521-0.408501812774-0.04149552110640.986390838948-0.0681368493086-0.2097655188240.3059827228650.01381525865980.71660613291227.64148811979.3195879401931.4898574462
61.169158354940.198797881408-0.4232086107292.008961934480.3636663568560.5312893115880.0349052509038-0.1770942577350.01163895531160.1941942410290.0706503393117-0.2662210432960.1674154138520.2424308875890.02110984870370.1809406364870.136983390855-0.02736682186210.178161417009-0.06965346629710.10133633089538.088660850945.107543826931.7763267971
70.491472483657-0.7677411383360.1610472310121.65377323015-0.008057134766690.849925726778-0.0168410764698-0.0527395876294-0.2353668787250.2814934664570.06282841946960.3497183101030.3669197773470.02917065485870.1701112738050.3799924457150.1202158930960.1265989543610.2073954139930.009275810285850.27530612260537.945989223727.647592781532.2861285242
85.02859798683-1.31487300844-0.06327347910843.341063753963.802396140995.207406115360.1874324716120.172862390156-0.043385341062-1.011953948850.236676220516-0.4126012700740.338639811210.616833837796-0.3784480607330.744933374060.1474762113140.208945683040.3275318058430.1015545385670.58243735801944.335639505710.922044121836.7551547783
92.75220481502-0.1788876952720.6543334972545.665953156821.555404928980.6083179412840.1162945540070.330039088827-0.525015597784-0.690989691101-0.0747096974823-0.7829037589630.3715416805110.265448299698-0.07644951286820.7814647322210.237451636890.1819407989110.4042325171210.1105913911060.60096236354944.66424312535.6950448719635.3133468294
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 11 through 191 )AA11 - 1911 - 181
22chain 'A' and (resid 192 through 405 )AA192 - 405182 - 390
33chain 'H' and (resid 2 through 67 )HC2 - 671 - 66
44chain 'H' and (resid 68 through 139 )HC68 - 13967 - 138
55chain 'H' and (resid 140 through 218 )HC140 - 218139 - 212
66chain 'L' and (resid 1 through 76 )LD1 - 761 - 76
77chain 'L' and (resid 77 through 129 )LD77 - 12977 - 129
88chain 'L' and (resid 130 through 151 )LD130 - 151130 - 151
99chain 'L' and (resid 152 through 215 )LD152 - 215152 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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