PDB-8hpi: Crystal structure of Tyrosinase from Priestia megaterium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hpi

タイトル

Crystal structure of Tyrosinase from Priestia megaterium

要素

Tyrosinase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Tyrosinase Priestia megaterium

機能・相同性

Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / oxidoreductase activity / metal ion binding / Tyrosinase

機能・相同性情報

生物種

Priestia megaterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Huang, Y. / Song, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Tyrosinase from Priestia megaterium
著者: Huang, Y. / Song, W.

履歴

登録	2022年12月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hpi.cif.gz	133 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hpi.ent.gz	101.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hpi_validation.pdf.gz	446 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hpi_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	8hpi_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	8hpi_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tyrosinase

B: Tyrosinase

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.950, 104.950, 137.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Tyrosinase 分子量: 33372.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Priestia megaterium (strain WSH-002) (バクテリア) 遺伝子: melC1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A8D3X086
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: PEG 4000, Zinc acetate dehydrate, Sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→46.94 Å / Num. obs: 39392 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 4.08
反射シェル	解像度: 2.54→2.65 Å / Num. unique obs: 3 / CC_1/2: 0.584

-
解析

ソフトウェア

名称: Aimless / 分類: データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.54→46.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 10.619 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.541 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24909	1340	5.3 %	RANDOM
R_work	0.19986	-	-	-
obs	0.20238	24148	97.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.934 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.19 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.54→46.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4708	0	39	153	4900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.659	6669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.181	1.584	10145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.847	5	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.185	21.839	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.239	15	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.227	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.016	3.428	2302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.015	3.427	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.254	5.135	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.254	5.136	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.585	3.667	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.584	3.667	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.776	5.361	3796
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.666	38.924	5661
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.663	38.946	5636
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10198 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.541→2.607 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	87	-
R_work	0.311	1699	-
obs	-	-	93.85 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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