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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hpi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Tyrosinase from Priestia megaterium | ||||||
![]() | Tyrosinase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Tyrosinase Priestia megaterium | ||||||
機能・相同性 | Tyrosinase CuA-binding region signature. / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / oxidoreductase activity / Tyrosinase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, Y. / Song, W. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Tyrosinase from Priestia megaterium 著者: Huang, Y. / Song, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33372.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: melC1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A8D3X086 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: PEG 4000, Zinc acetate dehydrate, Sodium acetate trihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.54→46.94 Å / Num. obs: 39392 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 4.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.54→2.65 Å / Num. unique obs: 3 / CC1/2: 0.584 |
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解析
ソフトウェア | 名称: Aimless / 分類: データスケーリング | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.934 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.54→46.98 Å
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拘束条件 |
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