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万見
- PDB-8hpg: Crystal structure of phenylpyruvate reductase from Lactobacillus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hpg
タイトルCrystal structure of phenylpyruvate reductase from Lactobacillus sp. CGMCC 9967
要素Phenylpyruvate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / phenylpyruvate reductase
機能・相同性phosphoglycerate dehydrogenase / phosphoglycerate dehydrogenase activity / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD binding / NAD(P)-binding domain superfamily / Phenylpyruvate reductase
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus sp. CGMCC 9967 (乳酸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.895 Å
データ登録者Yang, J.H. / Song, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: One-Pot Biocatalytic Transformation of L-DOPA to D-Danshensu
著者: Yang, J.H. / Song, W.
履歴
登録2022年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylpyruvate reductase
B: Phenylpyruvate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5052
ポリマ－67,5052
非ポリマー00
水00
1
A: Phenylpyruvate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7531
ポリマ－33,7531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phenylpyruvate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7531
ポリマ－33,7531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.896, 48.970, 89.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phenylpyruvate reductase


分子量: 33752.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus sp. CGMCC 9967 (乳酸菌)
遺伝子: ppr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M5IHP7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.5
詳細: PEG 1000, Citric acid, B-Nicotinamide adeinie dinucleotide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.89→23.49 Å / Num. obs: 3064 / % possible obs: 86.7394 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 7.29
反射 シェル解像度: 3.89→4.47 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Num. unique obs: 925 / CC1/2: 0.748 / % possible all: 54.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.895→23.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.664 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.605 / SU B: 8.898 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2795 141 4.6 %RANDOM
Rwork0.25755 ---
obs0.25875 2909 86.7394 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--87.97 Å2-0 Å225.56 Å2
2--131.05 Å20 Å2
3----43.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.895→23.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4680 0 0 0 4680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0134776
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0154637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.6356499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0161.57610655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.645612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.12322.613222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59915781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5921526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3514.62460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.354.5992458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0936.8693068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0916.8683068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2214.6322316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2214.6322317
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6496.9743432
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.97451.9095072
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.97451.9125073
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.97639413
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8966 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.895→3.895 Å /
Rfactor反射数%反射
Rfree0 20 -
Rwork0 6139 -
obs--21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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