PDB-8hpe: Crystal structure of Leucine dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hpe

タイトル

Crystal structure of Leucine dehydrogenase

要素

Leucine dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Leucine dehydrogenase

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.22 Å

データ登録者

Li, X. / Song, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: A Tri-Enzyme Cascade for Efficient Production of L-2-Aminobutyrate from L-Threonine.
著者: Li, X. / Gao, C. / Wei, W. / Song, W. / Meng, W. / Liu, J. / Chen, X. / Gao, C. / Guo, L. / Liu, L. / Wu, J.

履歴

登録	2022年12月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hpe.cif.gz	288 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hpe.ent.gz	237.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hpe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hpe_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hpe_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	8hpe_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	8hpe_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hpe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hr6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Leucine dehydrogenase

B: Leucine dehydrogenase

ヘテロ分子

81.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Leucine dehydrogenase

B: Leucine dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Leucine dehydrogenase

B: Leucine dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Leucine dehydrogenase

B: Leucine dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Leucine dehydrogenase

B: Leucine dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
325 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.949, 120.949, 177.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Leucine dehydrogenase / Leucine dehydrogenase Ldh 分子量: 39865.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 遺伝子: ldh1, BK774_17255, BK775_32270, BTGOE4_46100, BUM91_06765, C5676_00473, D7J84_18335, GH851_02505, GH891_02550 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G3E5D9, leucine dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% glycerol, 1.5M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.22→46.2 Å / Num. obs: 22022 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.302 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 3.22→3.48 Å / R_merge(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4448

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.22→46.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / SU B: 61.788 / SU ML: 0.441 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.499 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29529	1078	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23255	-	-	-
obs	0.23571	20926	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.592 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.22→46.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5472	0	77	10	5559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	5615
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.527	1.639	7598
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.191	1.583	12238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.089	5	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.324	22.784	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.813	15	952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.059	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.147	3.345	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.145	3.345	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.029	5.011	3559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.029	5.012	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.171	3.634	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.171	3.635	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.988	5.421	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.963	39.688	6140
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.963	39.699	6141
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11051 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 3.221→3.305 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	71	-
R_work	0.34	1506	-
obs	-	-	98.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9025	3.308	-0.106	4.8765	0.0576	0.4533	0.0421	0.3785	-0.968	-0.065	-0.0454	-0.4781	0.4746	0.1921	0.0034	0.5635	0.131	-0.0203	0.3688	-0.0833	0.1609	11.2614	29.5721	38.9378
2	5.0399	-0.2454	-0.8657	6.034	3.5537	2.1978	0.023	0.9385	0.1724	-0.9036	0.016	-0.0321	-0.5133	-0.1094	-0.039	0.4438	0.0617	0.0616	0.4849	0.0687	0.0187	4.1681	38.7186	32.5137
3	2.7241	-0.6104	-0.7714	3.634	1.0675	6.031	0.0253	0.3014	-0.3122	0.0365	-0.1258	-0.1178	0.3259	-0.0438	0.1005	0.4561	0.08	0.1105	0.5133	-0.049	0.1189	24.9136	31.4899	14.224
4	0.1192	-0.5703	-0.8257	4.2563	3.1782	6.2292	0.0007	-0.0002	0.008	-0.303	0.0257	-0.0948	-0.0301	0.1551	-0.0264	0.3814	-0.0474	0.0512	0.5263	0.0332	0.1275	26.9952	45.6067	31.9759
5	6.936	0.4853	0.5026	1.4723	-0.617	0.4847	0.1146	-0.2344	-0.5881	0.1643	-0.1117	-0.116	0.2288	0.0813	-0.0029	0.5776	0.0624	-0.0061	0.3442	0.0568	0.0569	9.1897	31.6307	59.4605
6	4.4884	-1.8564	2.2324	7.9024	0.7564	3.1994	-0.7332	-0.9127	0.2674	1.3056	0.8422	0.3583	-0.5129	-0.0244	-0.1091	1.0415	0.3773	0.1667	0.9861	0.2346	0.2718	-6.1501	27.8251	86.2017
7	0.6068	-0.4095	1.1773	0.2901	-0.7909	2.2954	-0.5367	-0.1678	0.2401	0.3393	0.1054	-0.2766	-0.9861	-0.2538	0.4313	1.1459	0.207	-0.0486	1.1314	-0.0177	1.057	5.8062	23.9244	93.1365
8	5.9332	-1.5022	2.4619	8.7138	-1.8019	5.5719	-0.2714	-0.4461	-1.2083	0.0955	0.744	0.5078	0.244	-0.3061	-0.4726	0.4769	0.1547	0.2497	0.6421	0.334	0.5448	-3.3725	13.8738	80.4856
9	7.8842	2.6439	-2.3282	9.1448	-2.2455	3.2565	-0.4571	-0.1894	0.4665	0.0911	0.6723	0.8857	-0.2853	-0.1381	-0.2152	0.5721	0.1266	0.0467	0.5898	0.2127	0.269	-9.1307	34.0471	73.0588
10	4.1472	-5.6498	2.8207	7.7936	-4.2512	6.1715	-0.1384	-0.331	-0.1922	0.0567	0.4217	0.1787	0.3062	-0.3001	-0.2833	0.3492	-0.0727	0.1132	0.3877	0.0514	0.1903	-12.7856	33.3231	58.5338

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 148
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	149 - 304
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	305 - 365
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 148
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	149 - 197
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	198 - 218
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	219 - 284
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	285 - 328
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	329 - 365

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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