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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hpe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Leucine dehydrogenase | ||||||
![]() | Leucine dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Leucine dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, X. / Song, W. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: A Tri-Enzyme Cascade for Efficient Production of L-2-Aminobutyrate from L-Threonine. 著者: Li, X. / Gao, C. / Wei, W. / Song, W. / Meng, W. / Liu, J. / Chen, X. / Gao, C. / Guo, L. / Liu, L. / Wu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 288 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 237.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hr6C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39865.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ldh1, BK774_17255, BK775_32270, BTGOE4_46100, BUM91_06765, C5676_00473, D7J84_18335, GH851_02505, GH891_02550 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% glycerol, 1.5M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.22→46.2 Å / Num. obs: 22022 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.22→3.48 Å / Rmerge(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4448 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 73.592 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.22→46.24 Å
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拘束条件 |
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