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万見
- PDB-8hpd: Bry-LHCII heterotrimer of Bryopsis corticulans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hpd
タイトルBry-LHCII heterotrimer of Bryopsis corticulans
要素(siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry- ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Light-harvesting complexes / siphonaxanthin / siphonein
機能・相同性
機能・相同性情報


Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Siphonaxanthin / Siphonein / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-NEX
類似検索 - 構成要素
生物種Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Li, Z.H. / Shen, J.R. / Wang, W.D.
資金援助 中国, 9件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2019YFA0906300 中国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
Chinese Academy of SciencesXDA26050402 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
Chinese Academy of Sciences2020081 中国
Chinese Academy of SciencesJCTD-2020-06 中国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
Chinese Academy of Sciences32222007 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural and functional properties of different types of siphonous LHCII trimers from an intertidal green alga Bryopsis corticulans.
著者: Zhenhua Li / Cuicui Zhou / Songhao Zhao / Jinyang Zhang / Xueyang Liu / Min Sang / Xiaochun Qin / Yanyan Yang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the ...Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the structure of a siphonous-type LHCII trimer from the intertidal green alga Bryopsis corticulans by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM), and analyzed its functional properties by spectral analysis. The Bryopsis LHCII (Bry-LHCII) structures in both homotrimeric and heterotrimeric form show that green light-absorbing siphonaxanthin and siphonein occupied the sites of lutein and violaxanthin in plant LHCII, and two extra chlorophylls (Chls) b replaced Chls a. Binding of these pigments expands the blue-green light absorption of B. corticulans in the tidal zone. We observed differences between the Bry-LHCII homotrimer crystal and cryo-EM structures, and also between Bry-LHCII homotrimer and heterotrimer cryo-EM structures. These conformational changes may reflect the flexibility of Bry-LHCII, which may be required to adapt to light fluctuations from tidal rhythms.
履歴
登録2022年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
B: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb3
C: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,09859
ポリマ－81,9173
非ポリマー47,18156
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry- ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1


分子量: 26696.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
#2: タンパク質 siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb3


分子量: 27273.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
#3: タンパク質 siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb2


分子量: 27946.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)

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非ポリマー , 6種, 56分子

#4: 化合物 ChemComp-0UR / Siphonein


分子量: 781.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C52H76O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-0IE / Siphonaxanthin / シホナキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#6: 化合物 ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II heterotrimer
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1298053 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0068451
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.65111937
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.6241778
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045897
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041508

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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